See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2023-02-01 07:33:59 -0500 (Wed, 01 Feb 2023).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocGenerics (53707)
2S4Vectors (50888)
3BiocVersion (50241)
4GenomeInfoDb (49112)
5IRanges (48283)
6Biobase (45843)
7zlibbioc (45254)
8XVector (43837)
9Biostrings (40187)
10BiocParallel (39688)
11GenomicRanges (36838)
12DelayedArray (36132)
13SummarizedExperiment (34445)
14MatrixGenerics (34363)
15limma (33824)
16AnnotationDbi (32074)
17KEGGREST (30941)
18annotate (21311)
19BiocFileCache (19875)
20Rhtslib (19504)
21Rsamtools (19326)
22genefilter (19250)
23edgeR (19211)
24GenomicAlignments (19190)
25biomaRt (18813)
26rtracklayer (17659)
27Rhdf5lib (17575)
28graph (17163)
29DESeq2 (16690)
30geneplotter (15930)
31rhdf5 (15709)
32GenomicFeatures (15693)
33ggtree (14836)
34rhdf5filters (14328)
35treeio (14232)
36BiocIO (14195)
37qvalue (13185)
38preprocessCore (12842)
39enrichplot (12755)
40fgsea (12317)
41DelayedMatrixStats (12177)
42DOSE (11957)
43clusterProfiler (11709)
44GOSemSim (11232)
45sparseMatrixStats (11133)
46SingleCellExperiment (10931)
47ComplexHeatmap (10617)
48beachmat (10448)
49HDF5Array (9625)
50BSgenome (9595)
51multtest (9544)
52GEOquery (9145)
53BiocSingular (9117)
54RBGL (9074)
55Rgraphviz (9011)
56ProtGenerics (8969)
57ScaledMatrix (8884)
58impute (8652)
59AnnotationHub (8363)
60ensembldb (8092)
61affyio (7790)
62affy (7658)
63interactiveDisplayBase (7510)
64AnnotationFilter (7439)
65GSEABase (6879)
66BiocNeighbors (6809)
67scuttle (6721)
68VariantAnnotation (6613)
69BiocStyle (6386)
70sva (5775)
71ShortRead (5225)
72ExperimentHub (4966)
73scater (4749)
74vsn (4664)
75KEGGgraph (4565)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (59)
a4Base (80)
a4Classif (58)
a4Core (91)
a4Preproc (101)
a4Reporting (60)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (18)
abaenrichment (1)
ABarray (51)
abc (1)
abc.data (1)
abe (1)
abseqR (48)
ABSOLUTE (1)
ABSSeq (75)
acde (62)
ACE (64)
acepack (1)
aCGH (117)
ACME (65)
adabag (1)
ADaCGH2 (44)
ADAM (48)
ADAMgui (45)
adaptest (2)
adductomicsR (45)
adegenet (1)
ADGofTest (1)
ADImpute (56)
admiral (1)
admiral.test (1)
admiraldev (1)
admisc (3)
admixtools (1)
adSplit (51)
AER (1)
afex (1)
affio (0)
AffiXcan (42)
affxparser (1402)
affy (7658)
affycomp (60)
AffyCompatible (59)
affyContam (50)
affycoretools (346)
affydata (1)
AffyExpress (7)
affyILM (43)
affyio (7790)
affylmGUI (55)
affyPara (8)
affypdnn (6)
affyPLM (1267)
affyQCReport (17)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (47)
AffyTiling (3)
AGDEX (45)
aggregateBioVar (47)
aggregation (1)
Agi4x44PreProcess (5)
agilp (102)
AgiMicroRna (137)
agimicrorna (0)
agricolae (2)
AIMS (328)
airpart (39)
akima (1)
ALDEx2 (673)
aldvmm (1)
alevinQC (68)
AlgDesign (1)
ALL (3)
AllelicImbalance (61)
AlphaBeta (41)
alphashape3d (1)
alpine (77)
ALPS (6)
AlpsNMR (56)
alsace (20)
altcdfenvs (51)
AMARETTO (45)
amgen.okta.client (1)
AMOUNTAIN (57)
amplican (60)
ampliQueso (2)
AnalysisPageServer (3)
anamiR (3)
Anaquin (48)
ANCOMBC (663)
AneuFinder (73)
AneuFinderData (1)
ANF (47)
animalcules (85)
animation (1)
annaffy (212)
AnnBuilder (3)
annmap (41)
annotate (21311)
AnnotationDbi (32074)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (7439)
AnnotationForge (2227)
AnnotationFuncs (8)
AnnotationHub (8363)
AnnotationHubData (194)
annotationTools (71)
annotatr (374)
anota (53)
anota2seq (51)
antiProfiles (46)
AnVIL (601)
AnVILBilling (38)
AnVILPublish (40)
aod (1)
APAlyzer (54)
apcluster (1)
apComplex (47)
apcomplex (0)
ape (1)
apeglm (2932)
apexcharter (1)
APL (36)
aplot (1)
applera (2)
appreci8R (42)
aqp (1)
argparse (1)
arm (1)
aroma.affymetrix (2)
aroma.apd (2)
aroma.core (2)
aroma.light (1657)
ArrayExpress (504)
ArrayExpressHTS (37)
arrayMagic (2)
arrayMvout (41)
arraymvout (0)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (96)
arrayQualityMetrics (489)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (12)
ArrayTV (4)
ARRmNormalization (42)
arrow (2)
artMS (62)
ASAFE (40)
ASCAT (1)
ascii (1)
asciicast (1)
ASEB (45)
ASExtras4 (1)
ASGSCA (45)
ash (2)
asht (1)
ASICS (59)
AsioHeaders (1)
askpass (1)
asmn (1)
asnipe (1)
ASpediaFI (39)
ASpli (69)
asremlPlus (1)
assertive.properties (1)
assertr (1)
assertthat (1)
AssessORF (42)
ASSET (62)
ASSIGN (64)
ASURAT (39)
ATACCoGAPS (9)
ATACseqQC (294)
ATACseqTFEA (13)
ATE (1)
atena (44)
AtlasRDF (1)
atSNP (49)
attract (44)
AUC (1)
AUCell (1478)
audio (1)
autonomics (43)
Autotuner (9)
av (1)
AWFisher (45)
aws.s3 (2)
aws.signature (2)
awst (39)

B

BaalChIP (46)
babelgene (1)
babelmixr2 (1)
BAC (45)
backports (3)
bacon (82)
bacr (1)
BADER (53)
badger (1)
BadRegionFinder (44)
BAGS (44)
ballgown (512)
bambu (189)
bamsignals (867)
BANDITS (52)
bandle (28)
banocc (36)
barcodetrackR (37)
bartMachine (1)
bartMachineJARs (1)
base (1)
base64 (1)
base64enc (1)
basecallQC (47)
BaseSpaceR (47)
Basic4Cseq (46)
BASiCS (101)
BASiCStan (12)
BasicSTARRseq (44)
basilisk (1192)
basilisk.utils (1146)
batchelor (2732)
BatchJobs (1)
BatchQC (102)
BayesFactor (1)
BayesianTools (1)
BayesKnockdown (35)
bayesm (1)
BayesPeak (10)
bayespeak (0)
BayesPen (1)
bayesplot (1)
BayesSpace (137)
bayestestR (1)
bayNorm (68)
baySeq (521)
bayseq (1)
BB (1)
BBCAnalyzer (39)
BBmisc (1)
bbmle (1)
bbr (1)
BCEE (1)
BCRANK (53)
bcSeq (43)
BDgraph (1)
BDMMAcorrect (45)
bdsmatrix (1)
beachmat (10448)
beadarray (612)
beadarraySNP (50)
BeadDataPackR (618)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (1)
beanplot (1)
BEARscc (37)
BEAT (40)
BEclear (63)
bedr (1)
beer (31)
beeswarm (1)
bench (1)
benchdamic (37)
BentoBox (0)
betr (3)
BeviMed (1)
bezier (1)
bgafun (4)
BgeeCall (43)
BgeeDB (80)
BGmix (40)
bgx (47)
BH (5)
BHC (100)
BiasedUrn (1)
bibtex (1)
BicARE (87)
BiFET (42)
biganalytics (1)
bigassertr (1)
bigD (1)
BiGGR (42)
biglm (1)
BigMatrix (0)
bigmelon (50)
bigmemory (1)
bigmemory.sri (1)
bigmemoryExtras (7)
bigparallelr (1)
bigPint (69)
bigreadr (1)
bigrquery (1)
bigsnpr (1)
bigsparser (1)
bigstatsr (1)
bigutilsr (1)
bim (2)
BindingSiteFinder (38)
bindr (1)
bindrcpp (1)
binom (1)
binr (1)
bio3d (1)
bioassayR (56)
Biobase (45843)
biobase (1)
biobroom (162)
biobtreeR (43)
bioCancer (52)
BiocBaseUtils (573)
BiocCaseStudies (5)
BiocCheck (1624)
biocDatasets (1)
BiocDockerManager (40)
BiocFHIR (10)
BiocFileCache (19875)
BiocGenerics (53707)
BioCGenerics (1)
biocGraph (79)
BiocInstaller (909)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (1)
BiocInstallerf (1)
BiocIO (14195)
biocLite (0)
BiocManager (6)
BiocNeighbors (6809)
BiocOncoTK (52)
Bioconductor (1)
bioconductor-geomxtools (1)
BioCor (52)
BiocParallel (39688)
BiocPkgTools (86)
BiocSet (170)
BiocSingular (9117)
BiocSklearn (59)
BiocStyle (6386)
biocthis (134)
BiocVersion (50241)
biocViews (3687)
BiocWorkflowTools (146)
biodb (84)
biodbChebi (36)
biodbExpasy (24)
biodbHmdb (36)
biodbKegg (46)
biodbLipidmaps (31)
biodbMirbase (25)
biodbNcbi (28)
biodbNci (24)
biodbUniprot (36)
bioDist (189)
biom (1)
biomaRt (18813)
biomart (1)
BioMedR (1)
biomformat (4268)
BioMM (42)
BioMVCClass (43)
biomvRCNS (40)
BioNAR (10)
BioNERO (77)
BioNet (222)
bionet (0)
BioNetStat (54)
BioPlex (30)
BioQC (99)
BioSeqClass (9)
biosigner (65)
biostatUtil (1)
Biostrings (40187)
biostrings (1)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (2)
BioTIP (42)
biotmle (41)
biovizBase (4368)
BiRewire (73)
birta (6)
birte (2)
biscuiteer (50)
BiSeq (63)
bit (3)
bit64 (2)
bitops (1)
BitSeq (50)
blacksheepr (44)
BlakerCI (1)
blastula (1)
blima (44)
BLMA (43)
blme (2)
blob (4)
blockcluster (1)
blogdown (1)
BloodGen3Module (48)
bluster (3149)
BMA (1)
BMix (1)
bmp (1)
bnbc (44)
bnem (37)
BOBaFIT (27)
bold (1)
bookdown (4)
boot (1)
bootstrap (1)
borealis (24)
Boruta (1)
bpcp (1)
BPRMeth (46)
BRAIN (95)
brainflowprobes (40)
brainImageR (1)
BrainSABER (37)
BrainStars (4)
branchpointer (55)
brave (1)
breakpointR (43)
brendaDb (43)
brew (4)
BRGenomics (120)
brglm (1)
bridge (38)
BridgeDbR (54)
bridgedist (1)
bridgesampling (1)
brio (1)
brms (1)
Brobdingnag (1)
broom (3)
broom.helpers (1)
BrowserViz (106)
BrowserVizDemo (1)
bs4Dash (1)
BSgenome (9595)
BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3 (2)
BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5 (1)
BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38 (1)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 (2)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 (2)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10 (2)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9 (1)
bslib (3)
bsplus (1)
bsseq (1129)
bst (1)
BubbleTree (44)
BufferedMatrix (49)
BufferedMatrixMethods (43)
bugsigdbr (68)
BUMHMM (34)
bumphunter (2125)
BumpyMatrix (257)
BUS (43)
BUScorrect (38)
BUSpaRse (190)
BUSseq (34)
BuxcoR (0)
BWStest (1)

C

C50 (1)
cachem (1)
CAEN (33)
CAFE (40)
CAGEfightR (65)
cageminer (34)
CAGEr (85)
Cairo (1)
CALIB (5)
calib (0)
calibrate (1)
callr (6)
calm (38)
CAMERA (413)
campsismod (1)
CAMTHC (2)
canceR (47)
cancerclass (53)
CancerInSilico (40)
CancerMutationAnalysis (4)
CancerSubtypes (185)
CAnD (30)
caOmicsV (25)
car (2)
carData (1)
cardelino (14)
Cardinal (104)
caret (2)
CARNIVAL (109)
casper (46)
castor (1)
CATALYST (372)
Category (1857)
category (1)
categoryCompare (42)
caTools (1)
CausalR (48)
cbaf (40)
CBEA (26)
cBioPortalData (281)
cbpManager (41)
CBPS (1)
ccaPP (1)
ccdata (2)
ccfindR (75)
ccImpute (9)
ccmap (64)
CCPROMISE (36)
ccrepe (96)
ccube (1)
celaref (63)
celda (307)
CellaRepertorium (46)
CellBarcode (34)
cellbaseR (54)
CellBench (94)
cellGrowth (4)
cellHTS (3)
cellHTS2 (108)
CelliD (103)
cellity (44)
CellMapper (42)
cellmigRation (37)
CellMixS (55)
CellNOptR (77)
cellnoptr (1)
cellscape (39)
CellScore (37)
CellTrails (45)
cellTree (41)
cellxgenedp (100)
cem (1)
CEMiTool (144)
censcyt (31)
Cepo (59)
ceRNAnetsim (33)
CeTF (56)
CexoR (35)
CFAssay (48)
cfDNAPro (36)
cgdsr (1)
CGEN (54)
CGHbase (294)
CGHcall (265)
cghFLasso (1)
cghMCR (50)
CGHnormaliter (51)
CGHregions (51)
ChAMP (578)
ChAMPdata (1)
changepoint (1)
CHARGE (2)
charm (4)
checkmate (1)
ChemmineOB (182)
ChemmineR (524)
chemminer (0)
chemometrics (1)
CHETAH (56)
ChIC (39)
Chicago (70)
chimera (4)
chimeraviz (70)
ChIPanalyser (40)
ChIPComp (44)
chipenrich (84)
ChIPexoQual (42)
ChIPpeakAnno (867)
ChIPQC (325)
ChIPseeker (1600)
chipseq (488)
ChIPseqR (85)
ChIPSeqSpike (5)
ChIPsim (82)
ChIPXpress (38)
chopsticks (72)
CHORD (1)
chroGPS (2)
chromDraw (38)
ChromHeatMap (50)
ChromoViz (3)
chromPlot (74)
ChromSCape (46)
chromstaR (70)
chromswitch (40)
chromVAR (838)
chron (1)
CHRONOS (49)
cicero (168)
CIMICE (35)
CINdex (48)
cindex (0)
circlize (1)
circRNAprofiler (49)
CircSeqAlignTk (8)
circular (1)
cisPath (41)
CiteFuse (75)
Ckmeans.1d.dp (1)
class (1)
ClassifyR (58)
classInt (1)
cleanUpdTSeq (42)
cleaver (158)
clevRvis (1)
cli (5)
clinPK (1)
clippda (40)
clipper (73)
clipr (4)
cliProfiler (34)
cliqueMS (63)
clock (1)
Clomial (34)
Clonality (47)
clonotypeR (36)
clst (47)
clstutils (44)
clue (1)
CluMSID (54)
clustComp (41)
cluster (3)
clusterCrit (1)
clusterExperiment (273)
clusterGeneration (1)
ClusterJudge (41)
clustermq (1)
clusterprofielr (1)
clusterProfiler (11709)
clusterprofiler (0)
clusterRepro (1)
clusterSeq (36)
ClusterSignificance (37)
clusterStab (85)
clusthaplo (1)
clustifyr (126)
clustree (1)
clValid (1)
CMA (115)
cmapR (239)
cmdstanr (1)
cmprsk (1)
cn.farms (42)
cn.mops (168)
CNAnorm (45)
cnanorm (0)
CNAqc (1)
CNEr (1416)
CNORdt (43)
CNORfeeder (45)
CNORfuzzy (43)
cNORM (1)
CNORode (60)
CNPBayes (2)
CNTools (84)
cntools (1)
CNVfilteR (46)
CNVgears (41)
cnvGSA (37)
CNViz (36)
CNVMetrics (28)
CNVPanelizer (47)
CNVRanger (68)
CNVrd2 (38)
CNVtools (3)
cnvtools (0)
cobalt (1)
cobindR (3)
cobs (1)
CoCiteStats (38)
COCOA (43)
coda (1)
codelink (49)
codetools (2)
CODEX (66)
coexnet (19)
CoGAPS (120)
cogena (79)
cogeqc (30)
Cogito (33)
coGPS (44)
COHCAP (44)
coin (1)
cola (114)
collapse (1)
collections (1)
CollessLike (1)
coloc (2)
colorRamps (2)
colorspace (3)
colourpicker (1)
comapr (27)
combi (37)
coMET (60)
coMethDMR (30)
ComICS (1)
commonmark (5)
compartmap (42)
COMPASS (57)
compcodeR (65)
compEpiTools (47)
CompGO (7)
compiler (1)
ComplexHeatmap (10617)
compositions (1)
CompoundDb (111)
CompQuadForm (1)
ComPrAn (34)
conclus (30)
condcomp (1)
condiments (57)
conditionz (1)
CONFESS (39)
config (1)
conflicted (1)
connectwidgets (1)
conquer (1)
consensus (37)
ConsensusClusterPlus (2627)
consensusDE (41)
consensusOV (48)
consensusSeekeR (67)
consICA (11)
consort (1)
CONSTANd (39)
contfrac (1)
contiBAIT (40)
conumee (114)
convert (112)
copa (41)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (361)
CopyNumber450k (1)
CopyNumberPlots (83)
CopywriteR (58)
coRdon (108)
CoRegFlux (2)
CoRegNet (53)
CoreGx (164)
Cormotif (39)
CorMut (5)
coRNAi (3)
coro (1)
corpcor (1)
corral (57)
correlation (1)
CORREP (46)
corrplot (1)
corrr (1)
coseq (82)
cosmiq (41)
cosmo (3)
cosmoGUI (3)
cosmosR (53)
COSNet (43)
COTAN (34)
CountClust (15)
countsimQC (64)
covEB (38)
CoverageView (57)
covr (3)
covRNA (38)
CovSel (1)
cowplot (1)
cpp11 (3)
cpvSNP (41)
cqn (226)
crayon (5)
creatr (1)
credentials (1)
CRImage (58)
crisprBase (45)
crisprBowtie (54)
crisprBwa (24)
crisprDesign (27)
crisprScore (54)
CRISPRseek (97)
crisprseekplus (40)
CrispRVariants (78)
crisprVerse (19)
crisprViz (18)
crlmm (101)
CrossICC (2)
crossmeta (62)
crosstalk (4)
crrri (1)
crrry (1)
crul (1)
CSAR (87)
csaw (310)
csawBook (4)
csdR (37)
csSAM (1)
CSSP (42)
CSSQ (34)
csv (1)
ctc (251)
CTDquerier (38)
ctgGEM (26)
ctmle (1)
cTRAP (46)
ctree (1)
ctsGE (44)
CTSV (17)
cubature (1)
cubelyr (1)
Cubist (1)
cummeRbund (230)
cummerbund (1)
curatedMetagenomicData (1)
curl (4)
customCMPdb (39)
customProDB (59)
cvAUC (1)
CVE (2)
CVST (1)
cxAnalysis (1)
cyanoFilter (36)
cycle (37)
cyclocomp (1)
cydar (78)
CytoDx (43)
cytofast (4)
cytofkit (16)
CyTOFpower (28)
CytoGLMM (46)
cytoKernel (37)
cytolib (2184)
cytomapper (151)
cytoMEM (28)
CytoML (941)
CytoTree (65)

D

d3Network (1)
dada2 (2055)
dae (1)
dagLogo (51)
daMA (44)
DAMEfinder (39)
DaMiRseq (63)
DAPAR (96)
DART (48)
DASC (1)
DASiR (2)
dasper (44)
data.table (4)
data.tree (1)
datamods (1)
datapipeline (1)
datasets (1)
datawizard (1)
DAVIDQuery (2)
dbarts (1)
DBChIP (9)
DBI (4)
DBItest (1)
dbplyr (2)
dbscan (1)
dcanr (61)
dce (42)
dcGSA (39)
DChIPRep (2)
ddalpha (1)
ddCt (82)
ddgraph (2)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (36)
deal (1)
dearseq (69)
debCAM (50)
debrowser (120)
debugme (1)
DECIPHER (1748)
deco (40)
DEComplexDisease (39)
decompTumor2Sig (67)
DeconRNASeq (159)
decontam (746)
deconvR (38)
decoupleR (249)
DEDS (6)
DeepBlueR (45)
DeepPINCS (37)
deepSNV (86)
DEFormats (192)
DegNorm (42)
DEGraph (43)
degraph (1)
DEGreport (453)
DEGseq (180)
degseq (0)
DelayedArray (36132)
DelayedDataFrame (46)
DelayedMatrixStats (12177)
DelayedRandomArray (42)
DelayedTensor (34)
deldir (1)
deltaCaptureC (33)
deltaGseg (34)
DeMAND (39)
DeMixT (57)
demuxmix (15)
dendextend (2)
dendsort (1)
densityClust (1)
densvis (143)
DEoptim (1)
DEoptimR (1)
DEP (398)
DepecheR (405)
DepInfeR (24)
DEqMS (180)
derfinder (424)
derfinderHelper (418)
derfinderPlot (75)
desc (4)
DEScan2 (40)
DescTools (1)
DESeq (444)
deseq (1)
DESeq2 (16690)
deseq2 (1)
DEsingle (256)
deSolve (1)
destiny (632)
DEsubs (42)
devtools (4)
DEWSeq (45)
DEXICA (0)
DExMA (41)
DEXSeq (1006)
dexus (4)
dfidx (1)
DFP (38)
DHARMa (1)
diagram (1)
DiagrammeR (1)
DIAlignR (43)
dials (1)
DiceDesign (1)
diceR (1)
dichromat (1)
DiffBind (1023)
diffcoexp (65)
diffcyt (211)
DifferentialRegulation (28)
diffGeneAnalysis (35)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (90)
DiffLogo (56)
diffloop (96)
diffobj (1)
diffuStats (54)
diffUTR (36)
digest (6)
diggit (45)
dimRed (1)
Dino (38)
dir.expiry (1111)
Director (34)
DirichletMultinomial (1994)
discordant (86)
DiscoRhythm (60)
DiscriMiner (1)
distill (1)
distillery (1)
distinct (96)
distr (1)
distrEx (1)
distributional (1)
DistributionUtils (1)
dittodb (1)
dittoSeq (604)
divergence (34)
diveRsity (1)
dks (32)
dlstats (1)
dm (1)
DMCFB (35)
DMCHMM (37)
DMRcaller (65)
DMRcate (789)
DMRcatedata (1)
DMRforPairs (37)
DMRScan (33)
dmrseq (118)
DMwR (1)
DNABarcodeCompatibility (35)
DNABarcodes (117)
DNAcopy (3528)
dnacopy (1)
DNAfusion (10)
DNaseR (1)
DNAshapeR (67)
dndscv (1)
DO.db (1)
doBy (1)
dockerfiler (1)
docopt (2)
domainsignatures (3)
doMC (1)
DominoEffect (34)
doParallel (2)
doppelgangR (47)
DOQTL (3)
doRNG (1)
Doscheda (34)
DOSE (11957)
DoseFinding (1)
doseR (38)
doSNOW (1)
dotCall64 (1)
doubletrouble (3)
downlit (1)
downloader (1)
dparser (1)
DPClust (1)
dpclust3p (1)
dpeak (38)
dplyr (5)
dqrng (2)
dr (1)
drake (1)
drawProteins (128)
DRIMSeq (333)
DriverNet (44)
DropletUtils (1902)
DRR (1)
drugTargetInteractions (45)
DrugVsDisease (40)
dSimer (2)
DSS (947)
dStruct (30)
DT (6)
DTA (38)
dtangle (1)
dtplyr (2)
DTRreg (1)
dtw (1)
dtwclust (1)
dualKS (7)
duckdb (1)
dummies (1)
Dune (35)
DupChecker (2)
dupRadar (88)
dyebias (42)
dynamicTreeCut (1)
DynDoc (920)
dyndoc (0)

E

e1071 (2)
earth (1)
easier (61)
EasyABC (1)
EasyCellType (13)
easypar (1)
EasyqpcR (6)
easyreporting (37)
easyRNASeq (57)
easyrnaseq (0)
EBarrays (118)
EBcoexpress (53)
EBImage (2138)
ebimage (0)
EBSEA (37)
EBSeq (328)
EBSeqHMM (55)
echarts4r (1)
ecolitk (40)
EDASeq (1496)
edd (3)
EDDA (3)
edge (96)
edgeR (19211)
edger (1)
eds (28)
eegc (40)
EGAD (56)
egg (2)
EGSEA (155)
eha (1)
eiR (39)
eisa (6)
eisaR (83)
ELBOW (4)
ellipse (1)
ellipsis (3)
elliptic (1)
ELMER (224)
emayili (1)
emdbook (1)
EMDomics (52)
emmeans (3)
EMMREML (1)
EmpiricalBrownsMethod (64)
emulator (1)
enc (1)
ENCODExplorer (5)
EnhancedVolcano (3139)
enhancedvolcano (1)
enhancerHomologSearch (41)
EnMCB (33)
ENmix (153)
EnrichedHeatmap (380)
EnrichmentBrowser (252)
enrichplot (12755)
enrichTF (60)
EnsDb.Hsapiens.v75 (2)
EnsDb.Hsapiens.v79 (1)
EnsDb.Hsapiens.v86 (2)
ensembldb (8092)
ensemblVEP (110)
ENVISIONQuery (3)
Epi (1)
epialleleR (37)
EpiCluster (0)
EpiCompare (35)
epidecodeR (32)
EpiDISH (215)
epigenomix (40)
epigraHMM (40)
epihet (35)
EpiMix (10)
epimutacions (28)
epiNEM (61)
epiR (1)
epistack (36)
epistasisGA (11)
epitools (1)
EpiTxDb (44)
epivizr (52)
epivizrChart (39)
epivizrData (54)
epivizrServer (63)
epivizrStandalone (45)
erccdashboard (54)
ergm (1)
ergm.count (1)
erma (65)
ERSSA (36)
esATAC (77)
escape (195)
esetVis (62)
esquisse (1)
estimability (2)
eudysbiome (34)
evaluate (6)
evaluomeR (38)
evd (1)
EventPointer (50)
EWCE (84)
Exact (1)
exactRankTests (1)
ExCluster (35)
ExiMiR (42)
exomeCopy (203)
exomecopy (0)
ExomeDepth (1)
exomePeak (11)
exomePeak2 (90)
exonfindR (0)
exonmap (5)
ExperimentHub (4966)
ExperimentHubData (161)
ExperimentSubset (41)
explorase (5)
ExploreModelMatrix (91)
expm (1)
ExpressionAtlas (88)
ExpressionView (4)
exprExternal (1)
expsmooth (1)
expss (1)
externalVector (2)
extraChIPs (28)
extraDistr (2)
extrafont (1)
extrafontdb (1)
extraTrees (1)
extRemes (1)

F

fabia (117)
facets (1)
facopy (2)
factDesign (42)
factR (13)
fail (1)
FamAgg (66)
famat (36)
fansi (5)
farms (57)
farver (2)
fastGHQuad (1)
fastICA (1)
fastLiquidAssociation (38)
fastmap (1)
fastmatch (1)
FastqCleaner (77)
fastreeR (31)
fastseg (603)
fbat (2)
FCBF (69)
fCCAC (40)
fCI (41)
fcoex (55)
fcScan (38)
fda (2)
FDb.InfiniumMethylation.hg19 (2)
fdrame (43)
fdrtool (1)
fds (2)
FEAST (72)
feather (1)
fedup (33)
FELLA (102)
FEM (39)
ff (2)
ffbase (1)
FField (1)
ffpe (58)
fftw (1)
fftwtools (1)
fgga (39)
FGNet (63)
fgsea (12317)
fields (1)
filehash (1)
filelock (2)
FilterFFPE (35)
FindIT2 (38)
FindMyFriends (11)
findpython (1)
FISHalyseR (39)
fishHook (1)
fishMod (1)
fishpond (326)
fit.models (1)
fitdistrplus (1)
FitHiC (48)
fixest (1)
flagme (39)
FLAMES (41)
flexclust (1)
flexdashboard (1)
flexmix (1)
flexsurv (1)
flextable (2)
flipflop (2)
flowAI (443)
flowBeads (38)
flowBin (42)
flowcatchR (40)
flowCHIC (38)
flowCL (39)
flowClean (184)
flowClust (1043)
flowCore (2128)
flowCut (64)
flowCyBar (35)
flowDensity (173)
flowFit (4)
flowFlowJo (3)
flowFP (65)
flowGraph (34)
flowMap (40)
flowMatch (40)
flowMeans (97)
flowMerge (53)
flowPeaks (98)
flowPhyto (1)
flowPloidy (43)
flowPlots (41)
flowQ (4)
flowq (0)
flowQB (2)
FlowRepositoryR (9)
FlowSOM (861)
FlowSorted.Blood.EPIC (2)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (2)
flowSpecs (46)
flowSpy (3)
flowStats (1026)
flowTime (42)
flowTrans (53)
flowType (4)
flowUtils (121)
flowViz (1238)
flowVS (75)
flowWorkspace (1357)
flowworkspace (1)
flowWorkspaceData (1)
fma (1)
fmcsR (178)
FME (1)
fmrs (47)
FNN (1)
fobitools (38)
focalCall (2)
foghorn (1)
FoldGO (41)
fontawesome (2)
forcats (2)
foreach (3)
forecast (1)
foreign (2)
forestplot (1)
fork (1)
formatR (3)
formatters (1)
Formula (1)
formula.tools (1)
forrester.metadata (1)
fossil (1)
FourCSeq (6)
fpc (1)
fpp (1)
fracdiff (1)
FRASER (101)
frenchFISH (30)
fresh (2)
FRGEpistasis (37)
frma (89)
frmaTools (42)
fs (5)
FScanR (35)
fstcore (1)
FunChIP (38)
FunciSNP (5)
funtooNorm (37)
furrr (2)
FuseSOM (12)
future (2)
future.apply (2)
future.callr (1)
fuzzyjoin (1)

G

GA (1)
GA4GHclient (43)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (35)
gada (1)
gaga (51)
gage (931)
gaggle (37)
gaia (83)
gam (1)
gamlss (1)
gamlss.data (1)
gamlss.dist (1)
gamlss.tr (1)
gap (1)
gap.datasets (1)
gapfill (1)
GAPGOM (26)
GAprediction (40)
garfield (44)
gargle (2)
GARS (40)
gaston (1)
GateFinder (42)
gaucho (1)
gbm (1)
gbRd (1)
GBScleanR (33)
gcapc (45)
gcatest (45)
gclus (1)
gCMAP (5)
gCMAPWeb (2)
gCrisprTools (44)
gcrma (1416)
GCSConnection (16)
GCSFilesystem (28)
GCSscore (43)
gdata (1)
GDCRNATools (277)
gdistance (1)
GDSArray (73)
gdsfmt (1683)
gdtools (1)
gee (1)
geecc (2)
geepack (1)
geiger (1)
GEM (43)
gemini (38)
gemma.R (13)
GenABEL (2)
GenABEL.data (2)
genArise (40)
genbankr (163)
GENE.E (3)
gene2pathway (2)
GeneAccord (33)
GeneAnswers (36)
geneAttribution (37)
GeneBreak (46)
geneClassifiers (36)
GeneExpressionSignature (46)
genefilter (19250)
genefu (325)
GeneGA (35)
GeneGeneInteR (39)
GeneGroupAnalysis (2)
geneLenDataBase (3)
GeneMeta (56)
GeneNet (1)
GeneNetworkBuilder (51)
GeneOverlap (238)
geneplast (56)
geneplotter (15930)
GeneR (3)
geneRecommender (41)
GeneRegionScan (39)
GeneRfold (2)
generics (3)
geneRxCluster (41)
GeneSelectMMD (45)
GeneSelector (5)
GENESIS (283)
genesis (1)
GeneSpring (3)
GeneStructureTools (57)
geNetClassifier (83)
genetics (0)
GeneticsBase (2)
GeneticsDesign (5)
GeneticsPed (81)
GeneTonic (103)
GeneTraffic (3)
GeneTS (3)
geneXtendeR (41)
GENIE3 (801)
genoCN (40)
GenoGAM (7)
genomation (502)
GenomAutomorphism (13)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (12)
GenomeInfoDb (49112)
genomeinfodb (0)
GenomeInfoDB (1)
GenomeInfoDbData (5)
genomeIntervals (120)
genomeintervals (0)
GenomelnfoDb (1)
genomes (45)
GenomicAlignments (19190)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (985)
GenomicDistributions (69)
GenomicFeatures (15693)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (806)
genomicInstability (34)
GenomicInteractionNodes (25)
GenomicInteractions (184)
GenomicOZone (35)
GenomicRanges (36838)
GenomicScores (403)
GenomicSuperSignature (44)
GenomicTuples (38)
Genominator (3)
genoset (19)
genotypeeval (40)
GenoView (1)
genphen (27)
GenProSeq (24)
GenRank (2)
GenSA (1)
GenVisR (374)
GeoDiff (58)
GEOexplorer (49)
GEOfastq (39)
GEOmetadb (177)
geometadb (1)
geometry (1)
GeomxTools (192)
GEOquery (9145)
geoquery (0)
geoR (1)
GEOsearch (1)
geosphere (1)
GEOsubmission (40)
gep2pep (40)
gert (2)
gespeR (57)
getDEE2 (44)
GetoptLong (1)
getSVCNVperGene0.94 (1)
gettz (1)
geva (36)
GEWIST (35)
gff3Plotter (2)
gfonts (1)
gganimate (1)
GGBase (11)
ggbeeswarm (1)
ggbio (1784)
ggcorrplot (1)
ggcyto (1140)
ggdag (1)
ggdendro (2)
ggdist (1)
ggeffects (1)
ggExtra (1)
ggforce (1)
ggforestplot (1)
ggfortify (1)
ggfun (1)
gghalves (1)
gghighlight (1)
ggm (1)
ggmanh (36)
ggmsa (278)
ggnewscale (2)
GGPA (44)
ggplot2 (4)
ggplotify (1)
ggPMX (1)
ggpointdensity (2)
ggpubr (1)
ggRandomForests (1)
ggraph (1)
ggrepel (1)
ggridges (1)
ggseqlogo (2)
ggsignif (1)
ggspavis (58)
ggstance (1)
ggstatsplot (1)
ggtext (1)
ggthemes (2)
GGtools (11)
ggtree (14836)
ggtreeDendro (13)
ggtreeExtra (654)
ggvis (1)
gh (3)
ghql (1)
GIGSEA (36)
GillespieSSA (1)
girafe (86)
GISPA (42)
git2r (3)
gitcreds (1)
GLAD (221)
GladiaTOX (34)
glasso (1)
gld (1)
Glimma (1153)
gllvm (1)
glmGamPoi (1386)
glmmADMB (1)
glmmML (1)
glmmTMB (1)
glmnet (1)
glmnetUtils (1)
glmSparseNet (83)
GlobalAncova (561)
GlobalOptions (1)
globals (2)
globalSeq (41)
globaltest (1242)
glue (4)
gmapR (65)
GmicR (44)
gmm (1)
gmodels (1)
gmoviz (36)
gmp (2)
GMRP (36)
GNET2 (39)
gnm (1)
GO.db (3)
goCluster (1)
GOexpress (85)
goftest (1)
GOfuncR (172)
GOFunction (4)
golem (1)
gomms (1)
googledrive (1)
GoogleGenomics (1)
googlesheets4 (2)
GOplot (1)
GOpro (44)
goProfiles (70)
goprofiles (0)
GOSemSim (11232)
gosemsim (0)
goseq (1149)
GOSim (106)
goSorensen (12)
goSTAG (45)
GOstats (1696)
gostats (1)
GOsummaries (58)
GOTHiC (46)
goTools (53)
gotools (0)
gower (1)
GPA (33)
GPArotation (1)
gpart (45)
GPfit (1)
gplots (1)
gpls (86)
gprege (32)
gpuMagic (41)
gQTLBase (7)
gQTLstats (7)
gramm4R (3)
GRaNIE (36)
granulator (88)
graper (40)
graph (17163)
GraphAlignment (46)
GraphAT (39)
graphat (1)
graphics (1)
graphite (2067)
graphlayouts (1)
GraphPAC (39)
graphql (1)
grDevices (1)
GRENITS (41)
GreyListChIP (736)
grid (1)
gridGraphics (1)
gridtext (1)
GRmetrics (71)
groHMM (54)
grpreg (1)
grr (1)
GRridge (43)
GSA (1)
gsalib (1)
GSALightning (46)
GSAR (99)
GSCA (42)
gscreend (46)
gsDesign (1)
GSEABase (6879)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (53)
GSEAlm (64)
GSEAmining (45)
gsean (41)
GSgalgoR (36)
gsmoothr (2)
gsrc (1)
GSReg (39)
GSRI (41)
GSVA (4231)
gsw (1)
gt (1)
gtable (2)
gtools (2)
gtrellis (106)
gtsummary (1)
gtx (1)
GUIDEseq (53)
Guitar (96)
gUtils (1)
GUTS (1)
Gviz (2951)
GWAS.BAYES (38)
gwascat (374)
GWASExactHW (2)
GWASTools (524)
gwasurvivr (69)
GWENA (82)
gWidgets2tcltk (1)

H

h2o (1)
h5vc (59)
HandTill2001 (1)
hapFabia (37)
hardhat (1)
Harman (126)
Harshlight (39)
harshlight (0)
haven (2)
hca (54)
HCABrowser (2)
HCAExplorer (2)
HCAMatrixBrowser (2)
HCsnip (1)
HDF5Array (9625)
hdf5r (1)
HDInterval (1)
hdm (1)
hdrcde (2)
HDTD (42)
heatmap.plus (1)
heatmap3 (1)
heatmaply (3)
heatmaps (222)
Heatplus (333)
HelloRanges (80)
HELP (38)
helperMut (1)
HEM (43)
here (1)
hermes (41)
Herper (62)
hexbin (6)
HGC (47)
hgu133plus2.db (2)
hgug4112a.db (1)
hiAnnotator (58)
HIBAG (82)
HiCBricks (46)
hicbricks (0)
HiCcompare (135)
HiCDCPlus (61)
HiCDOC (13)
HiContacts (12)
hicrep (9)
hierfstat (1)
hierGWAS (40)
hierinf (32)
highlight (1)
highr (4)
HilbertCurve (64)
HilbertVis (139)
HilbertVisGUI (22)
HiLDA (37)
hipathia (56)
HIPPO (37)
hiReadsProcessor (46)
HIREewas (38)
HiTC (109)
hmdbQuery (61)
Hmisc (1)
HMMcopy (208)
hms (3)
Homo.sapiens (2)
hopach (187)
HPAanalyze (76)
hpar (212)
HPAStainR (35)
HPiP (33)
htmlTable (1)
htmltools (5)
htmlwidgets (4)
HTqPCR (136)
HTSanalyzeR (6)
HTSeqGenie (25)
htSeqTools (4)
htseqtools (0)
HTSFilter (160)
httpcode (1)
httpgd (1)
httptest (1)
httpuv (3)
httr (6)
httr2 (1)
HubPub (71)
huge (1)
HumanTranscriptomeCompendium (38)
hummingbird (34)
hunspell (1)
huxtable (1)
hwriter (1)
HWxtest (1)
HybridMTest (68)
hypeR (87)
hyperdraw (52)
hypergeo (1)
hypergraph (73)

I

iASeq (36)
iasva (39)
iBBiG (77)
ibh (39)
iBMQ (27)
ica (1)
iCARE (86)
Icens (251)
icetea (37)
iCheck (33)
iChip (36)
ichorCNA (0)
iClusterPlus (273)
iCNV (41)
iCOBRA (120)
ideal (76)
ideogram (0)
IdeoViz (55)
idiogram (44)
IdMappingAnalysis (2)
IdMappingRetrieval (2)
IDPmisc (1)
idpr (46)
idr (1)
idr2d (44)
ids (1)
ieugwasr (1)
IFAA (2)
iFlow (1)
iGC (39)
IgGeneUsage (34)
igraph (2)
igvR (79)
IHW (559)
Illumina450ProbeVariants.db (1)
IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19 (2)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (2)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (2)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19 (2)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (2)
illuminaio (2394)
ILoReg (39)
imageHTS (43)
imager (1)
imagerExtra (1)
IMAS (40)
imcRtools (92)
Imetagene (2)
iml (1)
IMMAN (43)
ImmuneSpaceR (54)
immunoClust (41)
immunotation (34)
IMPCdata (35)
ImpulseDE (3)
ImpulseDE2 (14)
impute (8652)
INDEED (33)
ineq (1)
infer (2)
infercnv (757)
infinityFlow (40)
influenceR (1)
Informeasure (36)
INLA (1)
inline (1)
InPAS (41)
INPower (38)
insight (1)
inSilicoDb (5)
inSilicoMerging (8)
insilicomerging (0)
INSPEcT (46)
InTAD (38)
intansv (48)
interacCircos (48)
InteractionSet (1113)
InteractiveComplexHeatmap (204)
interactiveDisplay (70)
interactiveDisplayBase (7510)
InterCellar (62)
IntEREst (44)
InterMineR (50)
interp (1)
interpretR (1)
intervals (1)
IntOMICS (2)
IntramiRExploreR (41)
inum (1)
inveRsion (25)
inversion (0)
IONiseR (54)
iontree (2)
iPAC (42)
ipaddress (1)
iPath (32)
ipdDb (36)
ipmisc (1)
IPO (112)
IPPD (6)
ipred (1)
irace (1)
IRanges (48283)
IRdisplay (1)
IRISFGM (40)
IrisSpatialFeatures (1)
IRkernel (1)
irlba (1)
irr (1)
ISAnalytics (46)
iSEE (241)
iSEEhex (27)
iSEEhub (10)
iSEEu (68)
iSeq (39)
ISLET (10)
iSNetwork (2)
Iso (1)
isoband (3)
isobar (79)
ISOcodes (1)
IsoCorrectoR (46)
IsoCorrectoRGUI (34)
IsoformSwitchAnalyzeR (213)
IsoGeneGUI (26)
ISoLDE (38)
isomiRs (49)
iSPlot (2)
isva (2)
ISwR (1)
ITALICS (40)
iterativeBMA (45)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (37)
iterativebmasurv (1)
iterators (3)
iterClust (42)
iteremoval (20)
IVAS (49)
ivpack (1)
ivygapSE (35)
IWTomics (35)

J

JADE (1)
janeaustenr (1)
JASPAR2018 (1)
JASPAR2020 (2)
JBTools (1)
jiebaR (1)
jiebaRD (1)
JM (1)
jmosaics (1)
joda (3)
joineRML (1)
jomo (1)
jpeg (1)
jquerylib (1)
jsonlite (6)
jsTreeR (1)
jtools (1)
juicyjuice (1)
JuliaCall (1)
JunctionSeq (9)

K

kableExtra (1)
karyoploteR (708)
KaryoploteR (0)
katdetectr (15)
KBoost (36)
KCsmart (39)
kebabs (109)
kedd (1)
KEGG.db (1)
KEGGgraph (4565)
kegggraph (1)
KEGGlincs (45)
keggorth (2)
keggorthology (72)
KEGGprofile (18)
KEGGREST (30941)
KEGGSOAP (4)
keras (1)
kernlab (1)
KernSmooth (1)
keyring (1)
kimod (2)
KinSwingR (41)
kissDE (38)
klaR (1)
km.ci (1)
kmknn (0)
knitr (6)
KnowSeq (45)
KODAMA (1)
kohonen (1)
kpmt (1)
ks (1)
kSamples (1)

L

labdsv (1)
labeling (1)
labelled (1)
LACE (37)
Lahman (1)
lambda.r (1)
lambdr (1)
languageserver (1)
LaplacesDemon (1)
lapmix (38)
later (3)
latex2exp (1)
lattice (2)
latticeExtra (2)
lava (1)
lavaan (1)
lazy (1)
lazyeval (1)
LBE (262)
lbfgs (1)
lda (1)
ldblock (46)
LEA (394)
leafcutter (1)
leaps (1)
LearnBayes (1)
learnr (1)
LedPred (33)
lefser (181)
leiden (1)
leidenAlg (1)
leidenbase (1)
lemon (1)
les (42)
levi (31)
lfa (325)
lgr (1)
lhs (1)
libcoin (1)
LiblineaR (1)
lifecycle (5)
limma (33824)
limmaGUI (51)
LINC (2)
LineagePulse (37)
lineagespot (27)
LinkHD (32)
Linnorm (134)
LinTInd (29)
lintr (1)
lionessR (46)
lipidr (100)
LiquidAssociation (40)
liquidSVM (1)
lisaClust (63)
listenv (1)
lixoftConnectors (1)
lixoftConnectors.1 (1)
lixoftConnectors.2 (1)
lle (1)
lm.beta (1)
lmdme (51)
lme4 (2)
lmerTest (1)
LMGene (7)
lmomco (1)
Lmoments (1)
lmtest (1)
LOBSTAHS (47)
lobstr (1)
locfdr (1)
locfit (3)
loci2path (34)
log4r (1)
logcondens (1)
logicFS (66)
logistf (1)
logitT (39)
logitt (1)
Logolas (4)
logspline (1)
lol (2)
LOLA (147)
longitudinal (1)
longmemo (1)
loo (1)
LoomExperiment (289)
lotri (1)
LowMACA (32)
LPE (48)
LPEadj (35)
lpNet (34)
lpSolve (1)
lpSolveAPI (1)
lpsymphony (974)
lqa (1)
LRBaseDbi (45)
LRcell (37)
lsa (2)
lsei (1)
lubridate (2)
lumi (1039)
LVSmiRNA (3)
LymphoSeq (58)

M

M3C (1032)
M3D (4)
M3Drop (374)
m6Aboost (30)
maanova (55)
Maaslin2 (404)
Macarron (22)
macat (41)
maCorrPlot (38)
MACPET (26)
MACSQuantifyR (31)
MACSr (58)
maDB (5)
madb (0)
made4 (218)
MADSEQ (37)
maftools (2399)
MAGAR (37)
MAGeCKFlute (281)
magic (1)
magick (1)
magrene (10)
magrittr (5)
MAI (37)
maigesPack (45)
mailR (1)
MAIT (59)
makecdfenv (101)
makePlatformDesign (2)
MALDIquant (1)
MANOR (39)
manta (3)
MantelCorr (36)
mantelcorr (0)
mapbayr (1)
mapdata (1)
mAPKL (38)
mapproj (1)
maPredictDSC (40)
maps (1)
mapscape (35)
maptools (2)
Markdown (1)
markdown (4)
marr (33)
marray (1585)
martini (43)
maser (91)
maSigPro (241)
maskBAD (38)
MASS (5)
MassArray (41)
massarray (0)
massiR (41)
MassSpecWavelet (1311)
MAST (1452)
matchBox (34)
Matching (1)
MatchIt (1)
matchprobes (3)
mathjaxr (2)
Matrix (4)
Matrix.utils (1)
matrixcalc (1)
MatrixGenerics (34363)
MatrixModels (2)
MatrixQCvis (48)
MatrixRider (34)
matrixStats (3)
matter (106)
MaxContrastProjection (3)
MBAmethyl (32)
MBASED (43)
MBCB (40)
MBECS (26)
mbkmeans (352)
mbOmic (24)
mboost (1)
mBPCR (37)
MBQN (39)
MBttest (33)
mc2d (1)
mcaGUI (3)
MCbiclust (40)
mclogit (1)
mclust (1)
MCMCglmm (1)
MCMCpack (1)
MCPcounter (1)
MCRestimate (3)
mCSEA (56)
mda (1)
mdgsa (8)
mdp (41)
mdqc (41)
MDTS (37)
MEAL (61)
MeasurementError.cor (36)
MEAT (38)
MEB (33)
medflex (1)
mediation (1)
MEDIPS (97)
MEDME (39)
megadepth (86)
MEIGOR (54)
Melissa (35)
memes (141)
memisc (1)
memoise (5)
MergeMaid (9)
mergemaid (0)
Mergeomics (47)
MeSHDbi (176)
meshes (111)
meshr (73)
MeSHSim (1)
MesKit (62)
messina (37)
meta (1)
metaArray (6)
metaarray (0)
Metab (43)
metabCombiner (38)
metabinR (8)
metaBMA (1)
MetaboAnnotation (103)
MetaboCoreUtils (149)
metabolomicsWorkbenchR (51)
metabomxtr (40)
MetaboSignal (85)
metaCCA (49)
MetaCyto (48)
metadat (1)
metafor (1)
metagene (57)
metagene2 (52)
metagenomeFeatures (3)
metagenomeSeq (916)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (39)
metaMA (2)
metaMS (91)
MetaNeighbor (59)
metap (2)
MetaPhOR (9)
metaplus (1)
metapod (3015)
metapone (42)
metaR (0)
metaSeq (51)
metaseqR (13)
metaseqR2 (55)
MetaSKAT (1)
metavizr (32)
MetaVolcanoR (67)
metaX (3)
MetCirc (39)
MethCP (15)
methimpute (50)
methInheritSim (40)
methods (1)
MethPed (35)
MethReg (49)
methrix (58)
MethTargetedNGS (33)
methVisual (4)
methyAnalysis (13)
MethylAid (49)
methylCC (52)
methylclock (90)
methylGSA (96)
methylInheritance (46)
methylKit (484)
MethylMix (105)
methylMnM (37)
methylPipe (50)
methylscaper (32)
MethylSeekR (124)
methylSig (53)
methylumi (1260)
methyvim (3)
MetID (40)
MetNet (49)
mets (1)
mfa (72)
Mfuzz (751)
mfuzz (1)
mg14 (1)
mgcv (3)
MGFM (39)
MGFR (43)
mgsa (85)
mi (1)
mia (550)
miaSim (40)
miaViz (125)
mice (2)
MiChip (34)
microbenchmark (1)
microbiome (1438)
microbiomeDASim (36)
microbiomeExplorer (55)
microbiomeMarker (192)
MicrobiomeProfiler (56)
MicrobiotaProcess (283)
microRNA (112)
microSTASIS (3)
midasHLA (41)
MIGSA (38)
MIIVsem (1)
miloR (134)
mimager (37)
mime (5)
MIMOSA (43)
mina (34)
MineICA (51)
minerva (1)
minet (522)
minfi (1845)
MinimumDistance (39)
minpack.lm (1)
minqa (1)
MiPP (39)
miQC (83)
MIRA (51)
MiRaGE (39)
miRBaseConverter (118)
miRcomp (33)
mirIntegrator (37)
miRLAB (45)
miRmine (34)
miRNAmeConverter (45)
miRNApath (45)
miRNAtap (104)
miRSM (38)
miRsponge (1)
miRspongeR (50)
Mirsynergy (2)
mirTarRnaSeq (38)
misc3d (1)
missMethyl (822)
missRows (34)
mistyR (49)
mitch (49)
mitml (1)
mitoClone2 (34)
mitoODE (2)
mitools (1)
mixOmics (2346)
mixsqp (2)
mixtools (1)
mlbench (1)
mlegp (1)
MLInterfaces (263)
mlm4omics (1)
mlmm.gwas (1)
mlogit (1)
MLP (62)
mlr (1)
mlr3 (1)
mlr3measures (1)
mlr3misc (1)
MLSeq (118)
mltools (1)
MMAPPR2 (26)
MMDiff (1)
MMDiff2 (38)
mmgmos (2)
mmnet (1)
MmPalateMiRNA (2)
MMUPHin (76)
mnem (65)
mnormt (1)
MNP (1)
moanin (50)
MobilityTransformR (24)
mobster (1)
mockery (1)
MODA (45)
ModCon (29)
modeldata (2)
modelenv (1)
ModelMetrics (1)
modelr (2)
modeltools (1)
Modstrings (94)
MOFA (12)
MOFA2 (283)
MOGAMUN (39)
mogsa (103)
MOMA (48)
monaLisa (66)
monocle (2289)
MoonlightR (48)
MoPS (3)
morpheus (1)
mosaics (88)
mosbi (38)
MOSim (37)
Motif2Site (27)
motifbreakR (81)
motifcounter (41)
MotifDb (454)
motifmatchr (919)
motifRG (6)
motifStack (544)
MotIV (45)
mouse4302.db (1)
MouseFM (33)
mpath (1)
MPFE (32)
mpra (40)
MPRAnalyze (43)
MQmetrics (31)
mQTL.NMR (1)
mrgda (1)
mrgmisc (1)
mrgsolve (1)
mrgvalidate (1)
mrgvalprep (1)
msa (1126)
MSA2dist (38)
MsBackendMassbank (57)
MsBackendMgf (171)
MsBackendMsp (43)
MsBackendRawFileReader (35)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (2348)
MSEADbi (2)
MsExperiment (16)
MsFeatures (996)
msgbsR (37)
MSGFgui (13)
MSGFplus (29)
msigdbr (1)
msImpute (51)
mslp (14)
msm (1)
msmsEDA (146)
msmsTests (139)
MSnbase (2654)
msnbase (1)
MSnID (129)
MSPrep (46)
msPurity (62)
msQC (0)
msqrob2 (75)
MsQuality (2)
MSstats (352)
MSstatsConvert (295)
MSstatsLiP (32)
MSstatsLOBD (31)
MSstatsPTM (72)
MSstatsQC (41)
MSstatsQCgui (37)
MSstatsSampleSize (37)
MSstatsShiny (16)
MSstatsTMT (169)
MSstatsTMTPTM (4)
mtbls2 (0)
MTseeker (1)
MuData (27)
Mulcom (77)
mulcom (0)
multcomp (1)
multcompView (1)
MultiAssayExperiment (2462)
MultiBaC (46)
multiClust (57)
multicrispr (39)
MultiDataSet (681)
multidplyr (1)
multiGSEA (67)
multiHiCcompare (67)
MultiMed (40)
multiMiR (190)
multiOmicsViz (46)
multiscan (36)
multiSight (32)
multtest (9544)
mumosa (48)
MungeSumstats (184)
muscat (188)
muscle (180)
musicatk (49)
MutationalPatterns (361)
MutationTimeR (1)
mutoss (2)
mutSigExtractor (1)
mvabund (1)
MVCClass (44)
mvGST (1)
mvnfast (1)
mvtnorm (1)
MWASTools (86)
mygene (310)
myvariant (62)
mzID (2271)
mzR (2458)

N

n1qn1 (1)
N2R (1)
nabor (1)
NADA (2)
NADfinder (38)
NanoMethViz (55)
NanoStringDiff (83)
NanoStringNCTools (192)
NanoStringQCPro (73)
nanostringr (1)
nanotatoR (39)
nanotime (1)
NanoTube (46)
narray (1)
NarrowPeaks (3)
nasapower (1)
natserv (1)
NBAMSeq (35)
NBSplice (37)
ncbit (1)
ncdf4 (1)
ncdf4.1 (1)
ncdfFlow (1374)
ncGTW (35)
NCIgraph (44)
ncRNAtools (38)
ndexr (58)
ndjson (1)
neaGUI (1)
nearBynding (35)
Nebulosa (577)
NeighborNet (33)
nem (10)
NEMO (1)
nempi (36)
NetActivity (10)
netbenchmark (2)
netbiov (55)
netboost (30)
netboxr (32)
NetCRG (0)
netDx (40)
nethet (44)
netOmics (37)
NetPathMiner (49)
netprioR (35)
netReg (3)
netresponse (53)
NetSAM (40)
netSmooth (43)
network (1)
networkBMA (37)
networkDynamic (1)
netZooR (35)
NeuCA (33)
NeuralNetTools (1)
neuRosim (1)
NewWave (43)
NGScopy (1)
ngsReports (66)
nhanesA (1)
nleqslv (1)
nlme (4)
nlmixr2 (1)
nlmixr2data (1)
nlmixr2est (1)
nlmixr2extra (1)
nlmixr2lib (1)
nlmixr2plot (1)
nloptr (1)
NLP (1)
NMcalc (1)
NMdata (1)
NMF (2)
NMproject (1)
nnet (2)
NNLM (1)
nnls (1)
nnNorm (38)
nnSVG (36)
NoiseFiltersR (1)
NOISeq (499)
NonCompart (1)
nondetects (66)
nonmemica (1)
nor1mix (1)
NoRCE (42)
normalize450K (34)
NormalyzerDE (97)
NormqPCR (190)
normr (120)
np (1)
NPARC (40)
npde (1)
npGSEA (41)
npsurv (1)
NTW (32)
nucleoSim (38)
nucleR (52)
nucler (0)
nuCpos (36)
nudge (3)
nullranges (45)
numDeriv (1)
NuPoP (43)
NxtIRFcore (39)

O

occugene (33)
OceanView (1)
OCplus (84)
octad (10)
odbc (1)
oddsratio (1)
ODER (29)
odseq (52)
officedown (1)
officer (1)
OGRE (26)
OGSA (2)
oligo (1389)
oligoClasses (1477)
OLIN (45)
OLINgui (38)
omada (9)
OmaDB (74)
omicade4 (94)
OmicCircos (189)
omiccircos (0)
omicplotR (41)
omicRexposome (38)
OmicsLonDA (37)
OmicsMarkeR (3)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (37)
omicsPrint (40)
omicsViewer (26)
Omixer (35)
OmnipathR (295)
ompBAM (40)
Onassis (6)
OncoBayes2 (1)
oncomix (36)
oncoscanR (11)
OncoScore (41)
OncoSimulR (50)
oneChannelGUI (5)
onechannelgui (1)
oneSENSE (32)
onlineFDR (39)
ontoCAT (3)
ontologyIndex (3)
ontoProc (97)
ontoTools (3)
oompaBase (1)
oompaData (1)
openCyto (1035)
openPrimeR (82)
openPrimeRui (46)
openssl (6)
OpenStats (39)
openxlsx (2)
OperaMate (1)
operator.tools (1)
oposSOM (58)
oppar (38)
oppti (33)
optimalFlow (33)
optmatch (1)
optparse (1)
OPWeight (34)
OrderedList (83)
ordinal (1)
ORFhunteR (37)
ORFik (133)
org.At.tair.db (1)
org.Bt.eg.db (1)
org.Ce.eg.db (1)
org.Cf.eg.db (1)
org.Dm.eg.db (1)
org.Dr.eg.db (1)
org.Gg.eg.db (1)
org.Hs.eg.db (4)
org.Mm.eg.db (3)
org.Rn.eg.db (3)
org.Sc.sgd.db (1)
org.Ss.eg.db (1)
Organism.dplyr (341)
OrganismDbi (2648)
orientlib (1)
orthogene (144)
OSAT (47)
OSCA (6)
OSCA.advanced (10)
OSCA.basic (12)
OSCA.intro (39)
OSCA.multisample (8)
OSCA.workflows (22)
Oscope (48)
osqp (1)
OTUbase (36)
OutlierD (5)
OUTRIDER (141)
OVESEG (32)

P

PAA (48)
packFinder (38)
packrat (2)
padma (35)
PADOG (168)
padr (1)
pagedown (1)
pageRank (38)
PAIRADISE (64)
paircompviz (40)
pairkat (29)
pairseqsim (1)
pairwiseComparisons (1)
pak (1)
paletteer (1)
Palimpsest (1)
palmerpenguins (1)
pamr (6)
PAN (0)
pan (1)
pandaR (91)
pander (1)
panelcn.mops (57)
PAnnBuilder (3)
PanomiR (29)
panp (42)
PANR (36)
PanViz (12)
PanVizGenerator (12)
PAPi (4)
paradox (1)
parallel (1)
parallelly (2)
parameters (1)
ParamHelpers (1)
pareg (25)
parglms (36)
parody (45)
parsedate (1)
parsnip (2)
partitions (1)
party (1)
partykit (1)
PAST (37)
pastecs (1)
patchwork (2)
Path2PPI (42)
pathifier (148)
PathNet (43)
PathoStat (43)
pathprint (2)
pathRender (42)
pathVar (30)
pathview (4036)
pathwayPCA (81)
PathwaySplice (3)
PatientGeneSets (1)
paws (1)
paws.analytics (1)
paws.application.integration (1)
paws.common (2)
paws.compute (1)
paws.cost.management (1)
paws.customer.engagement (1)
paws.database (1)
paws.machine.learning (1)
paws.management (1)
paws.networking (1)
paws.security.identity (1)
paws.storage (1)
paxtoolsr (89)
pbapply (1)
Pbase (2)
pbcmc (1)
pbdZMQ (1)
pbivnorm (1)
pbkrest (1)
pbkrtest (1)
pbmcapply (1)
pcaExplorer (371)
pcaGoPromoter (5)
pcaMethods (4212)
PCAN (46)
pcaPP (1)
PCAtools (940)
pcot2 (10)
PCpheno (5)
pctGCdata (1)
pcxn (35)
pd.atdschip.tiling (1)
pd.hg.u133.plus.2 (1)
pd.mouse430.2 (1)
PDATK (35)
pdftools (1)
pdInfoBuilder (91)
pdmclass (3)
pdp (1)
PeacoQC (88)
peakPantheR (46)
peakPick (1)
PECA (47)
peco (34)
pegas (1)
penalized (1)
pengls (30)
peperr (1)
PepsNMR (61)
pepStat (38)
pepXMLTab (41)
PERFect (51)
performance (1)
PerformanceAnalytics (1)
periodicDNA (37)
perm (2)
perturbatr (5)
PFAM.db (3)
PFP (33)
PGA (4)
pga (0)
pgca (35)
PGSEA (25)
pgUtils (3)
phangorn (1)
phantasus (63)
PharmacoGx (146)
pheatmap (1)
phemd (17)
phenoDist (2)
PhenoGeneRanker (31)
phenomis (11)
phenopath (77)
phenoTest (67)
PhenStat (42)
PheWAS (1)
philr (169)
PhIPData (43)
phosphonormalizer (29)
PhosR (72)
phyclust (1)
phylobase (1)
PhyloProfile (53)
phyloseq (4221)
phytools (1)
Pi (68)
piano (322)
pickgene (35)
PICS (81)
Pigengene (66)
pillar (6)
pim (1)
PING (39)
pingr (1)
pins (1)
pint (4)
pio (1)
pipeComp (41)
pipeFrame (110)
pkgbuild (4)
pkgcache (1)
pkgconfig (1)
pkgdepends (1)
pkgDepTools (49)
pkgdown (1)
pkgload (4)
pkgmaker (1)
PKI (1)
PKNCA (1)
planet (84)
planttfhunter (2)
plateCore (2)
plethy (40)
plgem (57)
plier (120)
plm (1)
PloGO2 (51)
plot3D (1)
plot3Drgl (1)
plotgardener (126)
plotGrouper (40)
plotly (3)
plotmo (1)
plotrix (1)
PLPE (38)
plrs (2)
pls (1)
plumber (1)
plw (3)
plyr (3)
plyranges (796)
PMCMRplus (1)
pmforest (1)
pmm (34)
pmp (80)
pmplots (1)
pmtables (1)
png (1)
PoDCall (30)
podkat (44)
pogos (35)
pointblank (1)
PoissonSeq (1)
polspline (1)
polyclip (1)
polyester (104)
Polyfit (3)
polynom (1)
polysat (1)
POMA (55)
poppr (1)
POST (3)
posterior (2)
PoTRA (29)
PowerExplorer (2)
poweRlaw (2)
powerTCR (273)
POWSC (36)
ppcseq (33)
PPInfer (61)
ppiStats (26)
pqsfinder (61)
pracma (1)
prada (24)
praise (1)
pram (36)
prebs (36)
PreciseSums (1)
preciseTAD (34)
PrecisionTrialDrawer (22)
precommit (1)
PREDA (66)
predictionet (10)
preprocessCore (12842)
preprocesscore (1)
PresenceAbsence (1)
preseqR (1)
prettydoc (1)
prettyunits (2)
primirTSS (35)
PrInCE (41)
prismatic (1)
Prize (2)
proActiv (45)
proBAMr (36)
proBatch (80)
pROC (1)
PROcess (79)
processCore (1)
processx (6)
procoil (35)
ProCoNA (1)
proDA (137)
prodlim (1)
proFIA (39)
profile (1)
profileModel (1)
profileplyr (148)
profileScoreDist (33)
progeny (305)
progress (1)
progressr (2)
proj4 (1)
projectR (55)
projpred (1)
pRoloc (207)
pRolocdata (3)
pRolocGUI (63)
PROMISE (36)
promises (3)
PROPER (72)
PROPS (36)
Prostar (66)
prostar (0)
prot2D (3)
proteasy (14)
proteinProfiles (33)
ProteoDisco (35)
ProteomicsAnnotationHubData (10)
ProteoMM (53)
proteoQC (2)
protGear (26)
ProtGenerics (8969)
proto (1)
protolite (1)
proxy (1)
PRROC (2)
pryr (1)
ps (6)
PSCBS (2)
pscl (1)
PSEA (39)
psichomics (69)
PSICQUIC (38)
PSMatch (54)
PsNR (1)
pspline (1)
psych (1)
psygenet2r (43)
ptairMS (39)
Publish (1)
PubScore (24)
pulsar (1)
pulsedSilac (22)
puma (89)
PureCN (145)
purr (1)
purrr (4)
pvac (38)
pvca (217)
Pviz (46)
PWMEnrich (80)
pwOmics (44)
pwr (1)
pwrEWAS (50)
pxr (0)

Q

qap (2)
qckitfastq (52)
qcmetrics (48)
qcNvs (1)
QDNAseq (251)
QFeatures (305)
qgam (1)
qgraph (1)
qlcMatrix (2)
qmtools (26)
qpcR (1)
qpcrNorm (42)
qpdf (1)
qpgraph (112)
qPLEXanalyzer (46)
qrnn (1)
qrqc (95)
qs (1)
qsea (54)
qsmooth (50)
QSutils (39)
qsvaR (26)
qtbase (0)
qtl (1)
qtl2 (1)
Qtlizer (36)
qtpaint (0)
quadprog (1)
QUALIFIER (3)
qualifier (1)
quantiseqr (126)
quantreg (1)
quantro (171)
quantsmooth (545)
quarto (1)
QuartPAC (43)
QuasR (297)
QuaternaryProd (55)
QUBIC (89)
questionr (1)
qusage (338)
qvalue (13185)
qvcalc (1)

R

R.cache (1)
R.devices (2)
R.filesets (2)
R.huge (2)
R.matlab (1)
R.methodsS3 (1)
R.oo (1)
R.rsp (1)
R.utils (2)
r2d3 (1)
R3CPET (38)
r3Cseq (88)
R453Plus1Toolbox (46)
R4RNA (450)
R6 (4)
RadioGx (34)
ragg (1)
RaggedExperiment (780)
rain (68)
rainbow (2)
rama (38)
RamiGO (6)
ramigo (0)
ramr (42)
ramwas (62)
randomcoloR (2)
RandomFields (1)
RandomFieldsUtils (1)
randomForest (1)
randomForestSRC (1)
RandomWalkRestartMH (77)
randPack (42)
randRotation (34)
randtoolbox (1)
ranger (1)
RankProd (238)
RApiDatetime (1)
rapidjsonr (1)
RApiSerialize (1)
rappdirs (1)
RAREsim (22)
RareVariantVis (38)
Rariant (2)
rARPACK (2)
raster (1)
ratelimitr (1)
RAthena (1)
rawrr (132)
RbcBook1 (82)
Rbec (36)
RBesT (1)
RBGL (9074)
rbgl (1)
rbibutils (1)
RBioFormats (1)
RBioinf (50)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (128)
RBM (44)
Rbowtie (376)
Rbowtie2 (243)
rbsurv (50)
Rbwa (42)
Rcade (53)
RCAS (55)
RCASPAR (33)
rcdk (1)
rcdklibs (1)
rcellminer (61)
rCGH (64)
Rcgmin (1)
Rchemcpp (2)
RchyOptimyx (4)
RCircos (1)
RcisTarget (804)
rclipboard (1)
RCM (42)
rcmdcheck (3)
RColorBrewer (2)
RConferoMapping (0)
Rcpi (106)
Rcpp (5)
RcppAnnoy (3)
RcppArmadillo (3)
RcppCCTZ (1)
RcppDE (1)
RcppEigen (1)
RcppGSL (1)
RcppHNSW (2)
RcppParallel (2)
RcppProgress (1)
RcppRoll (1)
RcppSpdlog (1)
RcppTOML (1)
RcppZiggurat (2)
Rcsdp (1)
RCSL (36)
RCurl (3)
RCurl.back (1)
Rcwl (40)
RcwlPipelines (33)
RCX (48)
RCy3 (647)
RCyjs (46)
RCytoscape (6)
Rd2roxygen (1)
rda (1)
RDAVIDWebService (44)
Rdbi (3)
RdbiPgSQL (2)
rDGIdb (57)
Rdisop (397)
Rdpack (1)
RDRToolbox (79)
reactable (1)
reactlog (1)
reactome.db (1)
ReactomeContentService4R (58)
ReactomeGraph4R (32)
ReactomeGSA (177)
ReactomePA (1704)
readat (4)
readbitmap (1)
ReadqPCR (205)
readr (2)
readxl (2)
reb (4)
REBET (34)
rebook (84)
receptLoss (31)
recipes (2)
reconsi (33)
recount (338)
recount3 (236)
recountmethylation (41)
recoup (39)
reda (1)
RedeR (196)
RedisParam (12)
REDseq (79)
RefManageR (1)
RefNet (2)
RefPlus (64)
RegEnrich (52)
regioneR (1720)
regioneReloaded (10)
regionReport (92)
registry (1)
regsplice (33)
regutools (39)
reldist (2)
rematch2 (1)
remotes (3)
REMP (50)
rentrez (1)
renv (3)
Repitools (609)
ReportingTools (704)
reposTools (1)
repr (1)
reprex (2)
repurrrsive (1)
RepViz (36)
ReQON (37)
resample (1)
reshape (1)
reshape2 (1)
ResidualMatrix (2590)
RESOLVE (9)
Resourcerer (3)
restfulr (2)
restfulSE (40)
reticulate (2)
rex (3)
rexposome (61)
rfaRm (36)
Rfast (3)
Rfastp (94)
rfcdmin (1)
rflowcyt (3)
rfPred (38)
rGADEM (361)
RGalaxy (14)
RGCCA (1)
rGenomeTracks (28)
rgeos (1)
rgexf (1)
Rgin (37)
rgl (1)
RGMQL (24)
RgnTX (11)
rgoslin (31)
RGraph2js (37)
Rgraphviz (9011)
rgraphviz (1)
rGREAT (417)
RGSEA (63)
rgsepd (39)
rhdf5 (15709)
rhdf5client (47)
rhdf5filters (14328)
Rhdf5lib (17575)
Rhisat2 (167)
RhpcBLASctl (1)
Rhtslib (19504)
rhub (1)
rHVDM (3)
RiboCrypt (32)
RiboDiPA (40)
RiboProfiling (54)
ribor (37)
riboSeq (0)
riboSeqR (48)
ribosomeProfilingQC (54)
RIdeogram (1)
rifi (18)
RImmPort (35)
Ringo (623)
RInside (1)
Rintact (2)
rio (1)
RIPAT (32)
RIPSeeker (17)
Risa (46)
riskRegression (1)
RITAN (43)
ritis (1)
RItools (1)
RIVER (33)
rj (1)
rj.gd (1)
rJava (1)
RJMCMCNucleosomes (36)
rjson (1)
RJSONIO (1)
rlang (6)
RLassoCox (40)
rle (1)
rlecuyer (1)
rlemon (1)
RLMM (38)
RLSeq (36)
rly (1)
RMAGEML (1)
Rmagpie (39)
RMAPPER (3)
RMariaDB (1)
rmarkdown (4)
RMassBank (67)
rMAT (5)
rmelting (48)
rmeta (1)
rmio (1)
RmiR (8)
rmir (0)
Rmmquant (35)
Rmpfr (1)
Rmpi (1)
rms (1)
rmspc (37)
RMTstat (1)
rmutil (1)
RMySQL (1)
RNAAgeCalc (59)
RNAdecay (32)
rnaEditr (33)
RNAinteract (40)
RNAither (4)
rnaither (0)
RNAmodR (59)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (42)
RNAmodR.ML (35)
RNAmodR.RiboMethSeq (38)
RNAprobR (3)
RNAsense (33)
rnaseqcomp (43)
RnaSeqGeneEdgeRQL (1)
rnaSeqMap (5)
RNASeqPower (122)
RNASeqR (26)
RnaSeqSampleSize (84)
rnaturalearth (1)
RnBeads (185)
rncl (1)
RNeXML (1)
rngtools (1)
rngWELL (1)
Rnits (28)
roar (46)
robust (1)
robustbase (1)
ROC (1042)
ROCpAI (31)
ROCR (1)
RODBC (1)
ROI (1)
RolDE (25)
Roleswitch (4)
Rolexa (2)
rols (279)
roma (0)
ROntoTools (78)
Rook (1)
ropls (688)
ROSeq (34)
rotl (1)
ROTS (144)
roxygen2 (4)
RPA (38)
rpart (2)
RPostgres (1)
RPostgreSQL (1)
rprimer (35)
rprojroot (3)
RProtoBufLib (2047)
RpsiXML (34)
rpx (259)
Rqc (181)
rqt (37)
rqubic (54)
rrBLUP (1)
rrcov (2)
rRDP (39)
Rredland (2)
rredlist (1)
RRHO (71)
rrvgo (254)
rsample (2)
Rsamtools (19326)
rsamtools (1)
rsbml (72)
rsconnect (3)
rScudo (37)
RSEIS (1)
rsemmed (31)
RSeqAn (54)
Rserve (1)
rSFFreader (2)
RSiena (1)
Rsmlx (1)
Rsmlx.1 (1)
Rsmlx.2 (1)
RSNNS (1)
RSNPper (3)
Rsolnp (2)
RSpectra (3)
RSQLite (5)
Rssa (1)
RsSimulx (1)
RsSimulx.1 (1)
rstan (1)
rstanarm (1)
rstantools (1)
rstatix (1)
rstpm2 (1)
rstudio (0)
rstudioapi (4)
Rsubread (2038)
rsvd (2)
rsvg (1)
RSVSim (44)
rSWeeP (33)
rTANDEM (8)
RTCA (39)
RTCGA (488)
RTCGAToolbox (492)
rticles (1)
rtkore (1)
RTN (105)
RTNduals (46)
RTNsurvival (49)
RTools4TB (1)
RTopper (40)
Rtpca (34)
rtracklayer (17659)
Rtreemix (43)
rTRM (49)
rTRMui (33)
Rtsne (1)
Rttf2pt1 (1)
runibic (54)
RUnit (1)
Runuran (1)
Ruuid (4)
ruv (1)
RUVcorr (45)
RUVnormalize (44)
RUVSeq (780)
RUVseq (1)
rvcheck (1)
rversions (4)
rvest (2)
rvg (1)
RVS (36)
Rwave (1)
RWebServices (2)
RWiener (1)
rWikiPathways (264)
rxode2 (1)
rxode2et (1)
rxode2ll (1)
rxode2parse (1)
rxode2random (1)
rzmq (1)

S

s2 (1)
S4Vectors (50888)
saemix (1)
safe (378)
safetyexploreR (1)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (33)
SAGx (17)
SAIGEgds (51)
samExploreR (2)
sampleClassifier (37)
sampling (1)
samr (2)
SamSPECTRAL (96)
sandwich (1)
sangeranalyseR (129)
sangerseqR (323)
SANTA (40)
sapFinder (3)
saps (1)
sarks (31)
sass (3)
satuRn (58)
savR (49)
SBGNview (68)
SBGNview.data (1)
sbgr (1)
SBMLR (46)
SC3 (377)
sc3 (1)
Scale4C (33)
ScaledMatrix (8884)
scales (4)
scAlign (37)
scam (1)
SCAN.UPC (65)
scanMiR (37)
scanMiRApp (32)
scAnnotatR (57)
SCANVIS (46)
SCArray (37)
SCATE (35)
scater (4749)
scatterHatch (26)
scattermore (2)
scatterpie (1)
scatterplot3d (1)
scBFA (35)
SCBN (46)
scBubbletree (9)
scCB2 (42)
scClassifR (11)
scClassify (60)
sccomp (28)
sccore (1)
scDataviz (56)
scDblFinder (739)
scDD (128)
scDDboost (13)
scde (293)
scds (464)
SCFA (35)
scFeatureFilter (33)
scfind (2)
scGPS (40)
schex (117)
scHOT (54)
scico (1)
scidb (1)
scifer (9)
ScISI (9)
scMAGeCK (35)
scmap (374)
scMerge (279)
scMET (11)
scmeth (48)
SCnorm (87)
scone (91)
Sconify (33)
SCOPE (42)
scoreInvHap (35)
scp (57)
scPCA (61)
scPipe (71)
scran (3537)
scReClassify (31)
scRecover (42)
ScreenR (12)
scRepertoire (233)
scrime (2)
scRNAseq (1)
scruff (49)
scry (86)
scShapes (31)
scsR (2)
scTensor (47)
scTGIF (40)
scTHI (34)
sctransform (3)
scTreeViz (33)
scuttle (6721)
SDAMS (39)
SDMTools (1)
sechm (74)
seewave (1)
segmented (1)
segmenter (33)
segmentSeq (78)
selectKSigs (32)
selectr (1)
SELEX (36)
sem (1)
SemDist (35)
semisup (32)
SemSim (2)
semsim (0)
sendmailR (1)
sensitivity (1)
sensobol (1)
SEPA (1)
SEPIRA (32)
seq2pathway (40)
seqArchR (30)
seqArchRplus (2)
SeqArray (744)
seqbias (47)
seqCAT (39)
seqCNA (53)
seqcombo (38)
SeqGate (30)
SeqGSEA (56)
seqLogo (1966)
seqminer (1)
Seqnames (0)
seqPattern (501)
seqplots (11)
seqsetvis (49)
SeqSQC (42)
seqTools (97)
SeqVarTools (414)
seriation (4)
servr (1)
sesame (403)
sessioninfo (3)
SEtools (69)
Seurat (4)
seurat (1)
SeuratObject (3)
sevenbridges (55)
sevenC (38)
sf (1)
sfsmisc (1)
SGCP (1)
SGSeq (240)
shadowtext (1)
shape (1)
shapefiles (1)
SharedObject (55)
ShatterSeek (1)
shiny (3)
shiny.react (1)
shiny.router (1)
shinyBS (3)
shinybusy (1)
shinycssloaders (1)
shinydashboard (2)
shinydashboardPlus (2)
shinyepico (45)
shinyFiles (3)
shinyhelper (2)
shinyjqui (1)
shinyjs (1)
shinyMethyl (72)
shinyMobile (1)
shinypanel (2)
shinySelect (1)
shinystan (1)
shinyTANDEM (3)
shinythemes (1)
shinyWidgets (4)
ShortRead (5225)
shortread (0)
SIAMCAT (107)
SICtools (31)
sidap (0)
sigaR (4)
SigCheck (37)
sigFeature (134)
SigFuge (35)
siggenes (2370)
sights (44)
Signac (2)
signal (1)
signature.tools.lib (1)
signature.tools.lib.back (1)
signature.tools.lib.v2.1 (1)
signature.tools.lib.v2.1.2 (1)
signatureSearch (74)
signeR (58)
signet (2)
signifinder (10)
SignifReg (1)
sigPathway (106)
sigpathway (1)
SigsPack (36)
sigsquared (35)
SIM (42)
SIMAT (36)
SimBindProfiles (35)
SimBu (11)
SIMD (33)
SimFFPE (33)
similaRpeak (46)
SIMLR (171)
simpleaffy (162)
simpleSeg (13)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (263)
SimSeq (1)
simulatorAPMS (3)
simulatorZ (3)
sincell (43)
single (23)
SingleCellExperiment (10931)
SingleCelLExperiment (1)
SingleCellSignalR (121)
singleCellTK (144)
SingleMoleculeFootprinting (37)
SingleR (2593)
SingleRBook (4)
singscore (757)
SISPA (37)
sitadela (34)
sitePath (39)
sitmo (2)
sizepower (44)
SJava (2)
sjPlot (1)
sjstats (1)
SKAT (1)
skewr (35)
skimr (1)
slalom (41)
slam (1)
SLGI (12)
slickR (1)
slider (1)
slingshot (1022)
slinky (12)
SLqPCR (44)
sm (1)
SMAD (32)
SMAP (36)
smartdata (1)
SMITE (42)
smoother (1)
smoothHR (1)
SMVar (2)
sn (2)
sna (1)
SNAData (2)
SNAGEE (38)
snapCGH (50)
snapcount (47)
snifter (95)
snm (125)
snow (2)
SnowballC (1)
snpAssoc (0)
SNPchip (18)
SNPediaR (37)
SNPhood (35)
SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38 (1)
snpMatrix (4)
snpmatrix (1)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1236)
snpStats (1645)
SOAR (1)
soGGi (236)
soilDB (1)
sojourner (34)
solrium (1)
som (1)
SomaDataIO (1)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (133)
sommer (1)
SOMNiBUS (32)
sortable (1)
soundecology (1)
sp (2)
SpacePAC (38)
spacetime (1)
SPACox (1)
spade (5)
spam (1)
spaMM (1)
Spaniel (70)
sparklyr (2)
sparrow (69)
sparseDOSSA (37)
SparseM (1)
sparseMatrixStats (11133)
sparsenetgls (32)
SparseSignatures (46)
sparsesvd (2)
spaSim (12)
spatial (1)
SpatialCPie (65)
spatialDE (50)
SpatialDecon (112)
SpatialExperiment (634)
SpatialFeatureExperiment (24)
spatialHeatmap (40)
spatialreg (1)
spatstat (1)
spatstat.core (1)
spatstat.data (1)
spatstat.geom (1)
spatstat.linnet (1)
spatstat.random (1)
spatstat.sparse (1)
spatstat.utils (1)
spatzie (34)
spData (1)
speckle (2)
specL (43)
SpeCond (75)
Spectra (341)
SpectralTAD (52)
speedglm (1)
SPEI (1)
SPEM (53)
spgs (1)
SPIA (406)
SPIAT (17)
spicyR (71)
SpidermiR (56)
spikeLI (32)
spiky (38)
spkTools (35)
splancs (1)
splatter (342)
splicegear (5)
spliceR (8)
spliceSites (3)
SpliceWiz (16)
SplicingFactory (32)
SplicingGraphs (77)
splines (1)
splines2 (1)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (52)
SPLINTER (34)
splots (117)
spls (1)
SPONGE (64)
SpotClean (21)
SPOTlight (74)
spotSegmentation (4)
spqn (35)
SPsimSeq (63)
SQLDataFrame (37)
SQUADD (31)
SQUAREM (1)
sRACIPE (39)
SRAdb (328)
sRAP (4)
SRGnet (2)
srnadiff (37)
sROC (1)
sscore (41)
sscu (36)
sSeq (129)
ssh.utils (1)
ssize (62)
sSNAPPY (28)
SSPA (94)
ssPATHS (31)
ssrch (39)
ssviz (40)
stabledist (1)
stabs (1)
stageR (149)
stam (2)
STAN (41)
standR (31)
StanHeaders (1)
staRank (34)
StarBioTrek (37)
Starr (3)
startupmsg (1)
STATegRa (44)
Statial (8)
statmod (1)
statnet (1)
statnet.common (1)
stats (1)
stats4 (1)
statsExpressions (1)
statTarget (83)
STdeconvolve (41)
stepNorm (38)
stepwiseCM (2)
sticky (1)
stinepack (1)
stJoincount (9)
stopwords (1)
storr (1)
strandCheckR (38)
Streamer (43)
string (0)
STRINGdb (765)
stringdist (1)
stringfish (1)
stringi (5)
stringr (4)
STROMA4 (35)
strucchange (1)
struct (83)
Structstrings (76)
structToolbox (61)
StructuralVariantAnnotation (124)
styler (1)
SubCellBarCode (40)
subplex (1)
subselect (1)
subSeq (54)
SUITOR (12)
SummarizedBenchmark (39)
SummarizedExperiment (34445)
Summix (28)
superheat (1)
SuperLearner (1)
superpc (1)
supersigs (37)
SuppDists (1)
supraHex (307)
surfaltr (31)
survcomp (736)
survey (1)
survival (3)
survivalROC (1)
survminer (1)
survMisc (1)
survtype (45)
Sushi (196)
susieR (2)
sva (5775)
svaNUMT (28)
SVAPLSseq (2)
svaRetro (29)
svd (1)
svglite (1)
SVM2CRM (1)
SWATH2stats (44)
SwathXtend (44)
swfdr (40)
SwimR (4)
switchBox (77)
switchde (40)
synapsis (31)
synapter (34)
synergyfinder (156)
SynExtend (43)
synlet (41)
SynMut (34)
syntenet (25)
sys (4)
systemfit (1)
systemfonts (1)
systemPipeR (1102)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (47)
systemPipeTools (35)

T

table1 (1)
tables (1)
TADCompare (50)
TailRank (1)
tanggle (43)
TAPseq (45)
tarchetypes (1)
target (36)
TargetDecoy (37)
targets (1)
TargetScore (42)
TargetSearch (48)
targetsearch (0)
TarSeqQC (35)
taxize (1)
TBSignatureProfiler (43)
TCC (255)
TCGAbiolinks (2828)
TCGAbiolinksGUI (95)
TCGAbiolinksGUI.data (1)
TCGAutils (648)
tcltk (1)
tclust (1)
TCseq (106)
TDARACNE (33)
tdaracne (0)
TeachingDemos (1)
TEKRABber (28)
templater (1)
tensor (1)
tensorA (1)
tensorflow (1)
TENxIO (10)
tenXplore (32)
TEQC (51)
tergm (1)
ternarynet (34)
terra (1)
terraTCGAdata (23)
testthat (4)
TFARM (31)
TFBSTools (1418)
TFEA.ChIP (52)
TFHAZ (32)
TFisher (1)
TFMPvalue (2)
tfrmt (1)
tfruns (1)
TFutils (40)
TH.data (1)
threejs (1)
tibble (5)
tictoc (1)
tidybulk (111)
tidygraph (1)
tidyjson (1)
tidymodels (1)
tidyposterior (1)
tidyr (4)
tidyselect (4)
tidySingleCellExperiment (97)
tidySummarizedExperiment (112)
tidytext (1)
tidytree (2)
tidyverse (1)
tidyvpc (1)
tiff (1)
tiger (0)
tigre (39)
TileDBArray (37)
tilingArray (65)
timechange (1)
timecourse (52)
timeDate (2)
timeOmics (50)
timereg (1)
TimerQuant (0)
timescape (57)
TimeSeriesExperiment (36)
TimiRGeN (42)
TIN (37)
TINC (1)
tinytex (3)
TissueEnrich (82)
TitanCNA (59)
tkrgl (1)
tkrplot (1)
tkWidgets (912)
tkwidgets (1)
tLOH (34)
tm (1)
TMB (1)
TMixClust (53)
tmle (1)
tmvtnorm (1)
TNBC.CMS (43)
TnT (39)
TOAST (135)
tofsims (15)
tokenizers (1)
tomoda (30)
tomoseqr (22)
tools (1)
ToPASeq (4)
topconfects (122)
topdownr (41)
topGO (2685)
topicmodels (1)
ToxicoGx (33)
Tplyr (1)
TPP (63)
TPP2D (39)
tracee (1)
tracktables (116)
trackViewer (269)
tradeSeq (325)
TrajectoryGeometry (26)
TrajectoryUtils (1073)
TraMineR (1)
transcriptogramer (45)
transcriptR (43)
transformGamPoi (36)
transformr (1)
transite (41)
tRanslatome (38)
transomics2cytoscape (33)
TransView (38)
TraRe (29)
traseR (36)
Travel (23)
traviz (32)
tree (1)
TreeAndLeaf (85)
treeio (14232)
treekoR (33)
TreeSummarizedExperiment (575)
TREG (24)
TReNA (1)
trena (38)
Trendy (46)
TRESS (35)
tricycle (81)
triform (3)
trigger (38)
trimcluster (1)
trio (73)
tripack (1)
triplex (39)
tripr (32)
tRNA (76)
tRNAdbImport (45)
tRNAscanImport (53)
TRONCO (65)
truncnorm (2)
trust (1)
TSCAN (315)
tscR (44)
tseries (1)
tseriesChaos (1)
tsna (1)
tsne (1)
TSP (3)
tspair (28)
TSRchitect (11)
TSSi (2)
ttgsea (41)
TTMap (33)
tune (1)
tuneR (1)
TurboNorm (37)
TVTB (38)
tweeDEseq (83)
tweedie (1)
tweenr (1)
twilight (89)
twoddpcr (38)
TwoSampleMR (1)
txcutr (31)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene (2)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene (1)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene (1)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene (2)
tximeta (961)
tximport (2868)
TxRegInfra (2)
TypeInfo (37)
tzdb (1)

U

UCell (345)
ucminf (1)
Ularcirc (37)
umap (1)
UMI4Cats (38)
unbalanced (1)
uncoverappLib (32)
UNDO (40)
unifiedWMWqPCR (37)
UniProt.ws (268)
uniqueAtomMat (1)
Uniquorn (35)
units (1)
universalmotif (379)
updateObject (25)
urca (1)
uroot (1)
usethis (3)
uSORT (39)
UTAR (0)
utf8 (3)
utils (1)
uuid (1)
uwot (3)

V

V8 (1)
VAExprs (34)
VanillaICE (56)
vaplot (1)
vapour (1)
VarCon (34)
variancePartition (445)
VariantAnnotation (6613)
VariantExperiment (41)
VariantFiltering (45)
VariantTools (88)
vasp (2)
VaSP (35)
vaultr (1)
vbmp (51)
VCFArray (37)
vcfR (0)
vcr (1)
vctrs (8)
vdiffr (1)
VDJdive (10)
Vega (3)
VegaMC (36)
vegan (1)
vegawidget (1)
velociraptor (86)
veloviz (38)
venn (2)
VennDetail (151)
VennDiagram (1)
VERSO (30)
VGAM (1)
VIBER (1)
vidger (86)
vioplot (1)
viper (575)
viridis (2)
viridisLite (3)
viridislite (1)
virtualArray (3)
ViSEAGO (121)
visNetwork (1)
vissE (52)
Voyager (13)
VplotR (41)
vroom (2)
vsclust (10)
vsn (4664)
vtpnet (36)
vulcan (37)

W

waddR (47)
waiter (2)
waldo (1)
warp (1)
wateRmelon (704)
wavClusteR (41)
waveslim (1)
waveTiling (2)
weaver (42)
webbioc (42)
webfakes (1)
webmockr (1)
webshot (3)
WeightIt (1)
weights (1)
WeightSVM (1)
weitrix (34)
WGCNA (1)
WGSmapp (1)
whereami (1)
whisker (3)
widgetInvoke (2)
widgetTools (922)
widgettools (1)
wiggleplotr (110)
WikidataQueryServiceR (1)
WikidataR (1)
WikipediR (1)
wikitaxa (1)
withr (5)
wk (1)
workflows (2)
workflowsets (1)
worrms (1)
wpm (42)
wppi (36)
Wrench (919)
writexl (1)
WriteXLS (1)
WRS2 (1)

X

xaringan (1)
xaringanExtra (1)
xaringanthemer (1)
XBSeq (4)
XCIR (5)
xcms (1216)
xcore (26)
XDE (44)
Xeva (41)
xfun (6)
xgboost (2)
XINA (41)
XLConnect (1)
xlsx (1)
xlsxjars (1)
xmapbridge (35)
xmapcore (1)
XML (3)
xml2 (3)
xmlparsedata (1)
XNAString (39)
xpose (1)
xps (7)
xtable (1)
xts (1)
XVector (43837)
xvector (0)
XVectorb (1)

Y

y2hStat (1)
yaImpute (1)
yaml (5)
yamss (42)
YAPSA (72)
yaqcaffy (7)
yardstick (1)
yarn (90)
ymlthis (1)
yulab.utils (1)

Z

zCompositions (2)
zellkonverter (496)
zenith (11)
zFPKM (90)
zinbwave (586)
zip (2)
zlibbioc (45254)
zoo (2)