### R code from vignette source 'ClusteringSequences.Rnw'

###################################################
### code chunk number 1: ClusteringSequences.Rnw:51-56
###################################################
options(continue=" ")
options(width=80)
options(SweaveHooks=list(fig=function()
	par(mar=c(4.1, 4.1, 0.3, 0.1))))
set.seed(123)


###################################################
### code chunk number 2: startup
###################################################
library(DECIPHER)


###################################################
### code chunk number 3: expr1
###################################################
# specify the path to your file of sequences:
fas <- "<<path to training FASTA file>>"
# OR use the example DNA sequences:
fas <- system.file("extdata",
	"50S_ribosomal_protein_L2.fas",
	package="DECIPHER")
# read the sequences into memory
dna <- readDNAStringSet(fas)
dna


###################################################
### code chunk number 4: expr2
###################################################
aa <- translate(dna)
aa
seqs <- aa # could also cluster the nucleotides


###################################################
### code chunk number 5: expr3
###################################################
clusters <- Clusterize(seqs, cutoff=seq(0.5, 0, -0.1), processors=1)
class(clusters)
colnames(clusters)
str(clusters)
apply(clusters, 2, max) # number of clusters per cutoff


###################################################
### code chunk number 6: expr4
###################################################
o <- order(clusters[[2]], width(seqs), decreasing=TRUE) # 40\% cutoff
o <- o[!duplicated(clusters[[2]])]
aa[o]
dna[o]


###################################################
### code chunk number 7: expr7
###################################################
t <- table(clusters[[1]]) # select the clusters at a cutoff
t <- sort(t, decreasing=TRUE)
head(t)
w <- which(clusters[[1]] == names(t[1]))
AlignSeqs(seqs[w], verbose=FALSE)


###################################################
### code chunk number 8: expr6
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
heatmap(as.matrix(clusters), scale="column", Colv=NA)


###################################################
### code chunk number 9: expr7
###################################################
set.seed(123) # initialize the random number generator
clusters <- Clusterize(seqs, cutoff=seq(0.5, 0, -0.1))
set.seed(NULL) # reset the seed


###################################################
### code chunk number 10: sessinfo
###################################################
toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)