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title: "Rticles"
description: 'Rticles: scientific documents with R'
author: "Flavio Lozano-Isla"
output:
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  #   keep_tex: true
  bookdown::html_document2:
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pkgdown:
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vignette: >
  %\VignetteIndexEntry{Rticles}
  %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
  %\VignetteEncoding{UTF-8}
---

```{r setup, include=FALSE}
source("https://raw.githubusercontent.com/Flavjack/inti/master/pkgdown/favicon/docs.r")
```

El paquete `inti` permite usar un plantilla (template) para la generar documentos técnico/científicos (i.e. tesis y artículos) usando [`Quarto`](https://quarto.org/).

```{=html}
<iframe width="560" height="315" src="https://www.youtube.com/embed/videoseries?si=Db7O5gwumpxCNc3T&amp;list=PLSQMdOu57lj9HTZNed2-q3WpQfIGraA1V" title="YouTube video player" frameborder="0" allow="accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture; web-share" allowfullscreen></iframe>
```

# Herramientas

Para el desarrollo de documentos técnico/científicos con R, deben crearse algunas cuentas e instalar los programas que necesitamos. La mayoria de estas herramientas son libres e independientes del sistema operativo y pueden ser usadas para investigación reproducible.

> La lista de herramientas es una recomendación basada en mi experiencia, y no son las únicas disponibles.

## Cuentas

> Se recomienda usar el mismo correo para todas las cuentas. El uso de correos diferentes para cada servicio dificultará el flujo de trabajo posteriormente.

Deben crearse una cuenta en los siguientes servicios:

1. `Google (Gmail)`. Se recomienda que tengan una cuenta de Google ya que nos permitirá tener acceso a `Google Suit` que posee un conjunto de herramientas gratuitas en línea. Estas herramientas son un buen complemento para el trabajo en equipo y puedes acceder a ellos desde distintos dispositivos móviles.

1. `Zotero`. Será nuestra biblioteca virtual, y una de las herramientas que más usaremos, ya que nos permitirá organizar nuestro trabajo y citar los documentos en nuestros documentos

1. `GitHub` (opcional). Es un servicio de repositorio de código. Nos ayudará organizar nuestros proyectos y códigos. Nos permite visualizar los historiales de cambio de nuestro proyecto, compartir nuestro código y la posibilidad de generar páginas webs.

### Links para crear las cuentas

```{=html}
<div id=footer style="width:100%; margin:auto;">
  <div style="display:inline-block; width:32%">

  <p style="text-align:center; vertical-align:middle"> 
  <a target="_blank" href="https://accounts.google.com/signup/v2/webcreateaccount?continue=https%3A%2F%2Fwww.google.com%2F%3Fgws_rd%3Dssl&hl=es-419&dsh=S-352003840%3A1585079101705388&gmb=exp&biz=false&flowName=GlifWebSignIn&flowEntry=SignUp"><img src="files/gsuit.png" style="height:100px" title="Gsuit" alt="Gsuit"></a>  
  </p></div>
  
  <div style="display:inline-block; width:32%">
  <p style="text-align:center; vertical-align:middle">
  <a target="_blank" href="https://www.zotero.org/user/register"><img src="files/zotero.png" style="height:100px" title="Zotero" alt="Zotero"></a> 
  </p></div>
  
  <div style="display:inline-block; width:32%"> 
  <p style="text-align:center; vertical-align:middle"> 
  <a target="_blank" href="https://github.com/join?source=login"><img src="files/github.jpg" style="height:100px" title="GitHub" alt="GitHub"></a></p>
  </div>
  
</div>
```

## Programas

> Instalar los programas en el orden que se mencionan para evitar conflictos en su funcionamiento.

1. `Zotero`. Es un gestor de referencias bibliográficas, libre, abierto y gratuito desarrollado por el Center for History and New Media de la Universidad George Mason.

1. `R CRAN`. Es un entorno de lenguaje de programación con un enfoque al análisis estadístico. El software R viene por defecto con funcionalidades básicas y para ampliar estas debemos instalar paquetes. R actualmente nos permite hacer distintas tareas comó análisis estadísticos, generación de gráficos, escritura de documentos, desarrollo de aplicaciones webs, etc.

1. `RStudio`. RStudio es un entorno de desarrollo integrado para el lenguaje de programación R, dedicado a la computación estadística y gráficos.

1. `Git`. Git es un software de control de versiones. Esta pensando en la eficiencia y la confiabilidad del mantenimiento de versiones de aplicaciones. Git tambien nos permitirá usar `bash` en windows a través del terminal en RStudio.

### Links de los programas para instalar

```{=html}
<div id=footer style="width:100%; margin:auto;">
  
  <div style="display:inline-block; width:24%">
  <p style="text-align:center; vertical-align:middle">
  <a target="_blank" href="https://www.zotero.org/download/"><img src="files/zotero.svg" style="height:50px" title="Zotero" alt="Zotero"></a> 
  </p></div>
  
  <div style="display:inline-block; width:24%">
  <p style="text-align:center; vertical-align:middle">
  <a target="_blank" href="https://cran.r-project.org/"><img src="files/r-cran.svg" style="height:50px" title="R cran" alt="R cran"></a> 
  </p></div>
  
  <div style="display:inline-block; width:24%"> 
  <p style="text-align:center; vertical-align:middle">
  <a target="_blank" href="https://posit.co/download/rstudio-desktop/"><img src="files/rstudio.svg" style="height:50px" title="Rstudio" alt="Rstudio"></a> 
  </p></div>
  
  <div style="display:inline-block; width:24%"> 
  <p style="text-align:center; vertical-align:middle"> 
  <a target="_blank" href="https://git-scm.com/downloads"><img src="files/git.png" style="height:50px" title="Git" alt="Git"></a> 
  </p></div>
  
</div>
```

#### Complementos para zotero

```{=html}
<div id=footer style="width:100%; margin:auto;">
  
  <div style="display:inline-block; width:49%">
  <p style="text-align:center; vertical-align:middle">
  <a target="_blank" href="http://zotfile.com/"><img src="files/zotfile.png" style="height:50px" title="ZotFile" alt="ZotFile"></a> 
  </p></div>
  
  <div style="display:inline-block; width:49%">
  <p style="text-align:center; vertical-align:middle">
  <a target="_blank" href="https://retorque.re/zotero-better-bibtex/"><img src="files/bibtex.png" style="height:50px" title="Better BibTeX" alt="BBTeX"></a> 
  </p></div>
  
</div>
```

## Extras

Existen alguna herramientas básicas que NO deben faltar en tú computador:

- Chrome (buscador web)
- Foxit Reader (lector de PDFs)
- WinRAR (compression/descompresor de archivos)
- Google Backup and Sync (servicio de sincronización de datos)
- ShareX (herramienta para captura de pantalla)

Los usuarios de `Windows`, pueden instalar estas aplicaciones entre otras desde `ninite`. 

```{=html}
<div style="display:inline-block; width:100%"> 

<p style="text-align:center; vertical-align:middle"> 
<a target="_blank" href="https://ninite.com/"><img src="files/ninite.png" style="height:80px" title="ninite" alt="ninite"></a> 
</p>
  
</div>
```

## Chocolatey (opcional)

Si eres usuario de windows, puedes instalar todas las herramientas mencionadas desde el administrador de paquetes `chocolatey` a través de `PowerShell`.

```{r, echo=TRUE, eval = FALSE}
open https://chocolatey.org/packages

Start-Process powershell -Verb runAs

Set-ExecutionPolicy Bypass -Scope Process -Force; [System.Net.ServicePointManager]::SecurityProtocol = [System.Net.ServicePointManager]::SecurityProtocol -bor 3072; iex ((New-Object System.Net.WebClient).DownloadString('https://chocolatey.org/install.ps1'))

choco install googlechrome
choco install winrar
choco install zotero
choco install r
choco install rtools
choco install r.studio
choco install git
choco install google-backup-and-sync
choco install foxitreader
choco install sharex
```