マニュアル

       
表記について文献登録方法 ジャーナル登録 PubMed検索
お気に入り機能 その他の便利な機能PMIDありの文献PMIDなしの文献
管理者機能

登録(PMIDあり)

       
PDFのある文献PDFのない文献 一括登録 データ消去
リストエクスポートXML Download

PDFのある文献

文献のPDFファイル名を[PMID.pdf]として保存し、アップロードすることで登録が出来ます。

  1. [参照]をクリックします。
  2. PMIDをファイル名としたPDFファイルを選択し、[開く]をクリックします。
  3. [submit]をクリックします。
  4. "File upload has done."と表示されたらアップロードは完了です。
  5. PubMedの文献情報が取得され、表示されます。
登録既データのPDFファイルを追加アップロードした場合
 ・"This PMID is already registered."と表示されます。
 ・同名のファイルがアップロードディレクトリに存在している場合は上書き保存されます。

PDFファイル名に該当するPMIDが無い場合
 ・"No items found. Uploaded File deleted."と表示されます。
 ・PDFファイルのコピー、および文献の登録は行われません。


PDFのない文献

PDFファイルがなくてもPMIDを使用して文献情報のみを登録することが出来ます。

  1. テキストボックスにPMID(半角数字のみ)を入力し、[submit]をクリックします。
  2. PubMedの文献情報が取得され、表示されます。
登録既データのPMIDを入力した場合
 ・"This PMID is already registered"と表示されます。

該当するPMIDが無い場合
 ・"No items found"と表示され、文献の登録は行われません。

注意事項
ここで登録できるPMIDは1件ずつです。
複数のPMIDを指定した場合、応答が返ってこなくなりXOOPSの再起動が必要になります。


一括登録

PMIDの一覧をカンマ区切りのテキストファイルに保存すれば、一括で文献情報の登録を行えます。
下記の「リストエクスポート」で作成されるテキストファイルはこの形式になっています。

  1. [参照]をクリックします。
  2. PMIDの一覧ファイルを指定して、[開く]をクリックします。
  3. [submit]をクリックします。文献数が多いと時間がかかります。
  4. PMIDと文献タイトルが表示されたら、登録完了です。
  5. 登録できないIDが含まれていた場合は、IDの後ろに"id missing..."と表示されます。


リストエクスポート

登録されている文献のPMID一覧リストを作成出来ます。
このリストは上記の一括登録で使用できますので、別のマシンで同期をとる際などに利用可能です。

  1. PDFがあるデータ、PDFがないデータ、又は全てかを選択します。
  2. 自分が登録したデータのみを出力する場合は、「自分が登録したデータのみ」にチェックを入れます
  3. [download]ボタンをクリックすると、"data.txt"として一覧ファイルを取得出来ます。


XML Download

論文情報が登録される際に、PubMedサイトにあるXMLファイルも保存されています。
このXMLファイルを、アーカイブとしてダウンロードすることが可能です。
ここでダウンロードされるアーカイブは、PMIDありの論文のXMLファイルのみです。

  1. [download]をクリックして下さい。


データ消去

PMIDありの登録情報を削除することができます。
削除できるデータは、自分が登録したデータのみです。

  1. 文献情報を削除したいPMIDをテキストボックスに入力して、[submit]をクリックします。
  2. "PMID[number]has been deleted."と表示されれば、削除完了です。
他の人が登録したデータを削除しようとした場合
 ・"You don't have the permission to delete this data."と表示され、削除は行われません。
 ・管理者権限でログインしている場合は、全てのデータが削除可能になります。

PDFファイルが登録されている文献の場合
 ・ファイル自体は削除されません。
 ・完全に消去したい場合は該当PDFファイルをアップロードディレクトリから削除して下さい。

登録(PMIDなし)

   
文献登録方法データ編集・消去 XML Download  

文献登録方法

文献情報を個別に入力して、PubMedにはない文献を登録することもできます。

  • 論文・文献のデータを個別に入力して登録する。
  • 予め論文データを記載したXMLファイルをアップロードしておき、自動的に登録する。
登録に必要な情報を、各テキストボックスに入力していきます。
"*"のついた項目は必須入力です。
  1. Title(必須):論文タイトルを入力します。
    日本語など、他言語のタイトルは、次項の"in other language"に入力して下さい。
  2. Author(必須):著者名を入力します。
    著者が複数の場合は、カンマで区切って入力してください。
  3. Journal/Book:ジャーナル名、文献名を選択します。
    ジャーナルか本かをラジオボタンで選択し、リストからタイトルを選んで下さい。
    不明な場合は"unknown journal(book)"を選択します。
  4. Volume:ジャーナル、又は本の巻数を入力します。
  5. Pages:ページを入力します。
    範囲を示す場合は、開始ページと終了ページをハイフン(-)で括って下さい。
  6. Year:論文の発表年をリストから選択、あるいはテキストボックスに入力します。
  7. Abstract:論文のアブストラクトを入力します。
  8. Upload:論文のPDFファイルをアップロードする場合、[参照]をクリックし登録するPDFファイルを選択して[開く]をクリックします。
ジャーナル名、文献名について
 ・予め登録されたリストから選択入力します(「ジャーナル登録」参照)。
 ・一旦"unknown"で登録した論文についても、ジャーナル登録後に登録情報を変更できます。

アップロードファイルについて
 ・XOOPSのディレクトリ内「modules/PubMedPDF/uploads/」にコピーされます。


PMIDのない文献の編集/削除

PMIDのない文献については、登録者のみ内容を編集・削除することができます。

    登録内容の編集
  1. 論文情報の詳細を表示し、[remove/edit]をクリックします。
  2. 登録した内容が読み込まれますので、必要な箇所を修正します。
    先に登録しておいた文献情報に、PDFファイルを追加でアップロードする際は、ここで"Upload"欄にPDFファイルを指定します。
  3. [submit]をクリックすると、新たな登録内容が表示され、内容が更新されます。

    登録情報の削除
  1. 論文情報の詳細を表示し、[remove/edit]をクリックします。
  2. 登録内容が表示された下の欄にある[remove]をクリックします。


XML Download

PMIDのない論文情報も、登録情報がXMLファイルとして保存されています。
ここでダウンロードされるアーカイブは、PMIDのない論文のXMLファイルのみです。
管理者機能の自動登録で利用できます(「PMIDなしの文献の一括登録」参照)。

  1. [download]をクリックして下さい。


管理者機能(管理者権限でログインしているのみ利用可)

   
PMIDありの文献の一括登録PMIDなしの文献の一括登録

PMIDありの文献の一括登録

PDFファイルをアップロード用フォルダに事前にコピーしておき、これを一括して登録する。

  1. アップロードディレクトリに、PDFファイル(PMID.pdf)をコピーしておきます。
  2. 一括登録の[submit]をクリックします。
  3. アップロードディレクトリにある全てのPDFファイルの文献情報が登録されます。
注意事項
・PDFファイルが登録されているPMIDを削除(「データ消去」参照)した場合、アップロードされたファイル自体は削除されません。  この一括登録を行うと、PDFファイルが残っている文献については、再度登録されます。

・アップロードディレクトリにあるPDFファイルの数によってはこの処理は数時間かかる場合があります。


PMIDなしの文献の一括登録

PMIDのない文献は登録されると同時に、その情報を元にXMLファイルが作成されています。
このため、予めXMLファイルを用意しておけば、そのファイルを使用して文献の登録を行うことができます。

  1. XOOPSの"modules/PubMedPDF/uploads_xml"に、文献情報のXMLファイルをコピーしておきます。
  2. 自動登録の[submit]をクリックします。
  3. XMLファイルから情報を取得し、PMIDのない文献として新規登録します。
利用例
 ・他のマシンと同期をとる。
  (XMLファイルをダウンロード、これを他マシンのuploads_xmlに解凍、一括登録を実行する)