### R code from vignette source 'dsq.Rnw'

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### code chunk number 1: lkd
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library(dsQTL)
data(DSQ_17)
metadata(DSQ_17)
metadata(DSQ_17)[[1]]


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### code chunk number 2: lkd2
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data(DSQ_2)
names(assays(DSQ_2))
assays(DSQ_2)[[1]][1:5,1:5]
rowRanges(DSQ_2)


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### code chunk number 3: lkd3
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data(eset, package="dsQTL")
ex


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### code chunk number 4: lkf
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library(Biobase)
fData(ex)[1:5,,drop=FALSE]


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### code chunk number 5: domo
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library(GGBase)
ds2 = getSS("dsQTL", "roundGT_2")


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### code chunk number 6: dose
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# need to get rid of SNPlocs package getSNPlocs
getSNPlocs = dsQTL::getSNPlocs  # force
library(GGtools)
#library(parallel)
#options(mc.cores=12)
n1 = best.cis.eQTLs(smpack="dsQTL", radius=2000, geneannopk="dsQTL",
  snpannopk="dsQTL", chrnames="2", smchrpref="roundGT_",
  smFilter = function(x) GTFfilter(x, lower=0.05)[23810:23830,], 
#  geneApply=mclapply)
  geneApply=lapply)


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### code chunk number 7: lkpr
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n1


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### code chunk number 8: lkhi
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plot_EvG(probeId("dhs_2_45370802"), rsid("chr2.45370846"), getSS("dsQTL", "roundGT_2",
  wrapperEndo=function(x){annotation(x)="dsQTL"; x}))


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### code chunk number 9: showp1
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proc1 = function(x) {
 library(rtracklayer)
 tmp = import(paste(x, ".qnorm.bed.gz", sep=""))
 stt = split(tmp, space(tmp))
 obn = paste(x, "_dsq_chr2", sep="")
 assign(obn, stt[["chr2"]])
 save(list=obn, file=paste(obn, ".rda", sep=""))
 NULL
}


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### code chunk number 10: lks
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sessionInfo()