### R code from vignette source 'vignettes/netresponse/inst/doc/netresponse.Rnw'

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### code chunk number 1: initial
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library(netresponse)
data(toydata)
D <- as.matrix(toydata$emat)
netw <- as.matrix(toydata$netw)


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### code chunk number 2: detect
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model <- detect.responses(D, netw, verbose = FALSE)


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### code chunk number 3: getsubnets2
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get.subnets(model, min.size = 2, min.responses = 2)


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### code chunk number 4: resp
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subnet.id <- 'Subnet-2'
response2sample(model, subnet.id)


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### code chunk number 5: pars
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pars <- get.model.parameters(model, subnet.id) # model parameters
pars


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### code chunk number 6: probs
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response.probabilities <- sample2response(model, subnet.id)


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### code chunk number 7: findsimilar
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g <- find.similar.features(model, subnet.id = "Subnet-1")
subset(g, delta < 0)


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### code chunk number 8: icmg
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library(netresponse)
data(osmo)
res <- ICMg.combined.sampler(osmo$ppi, osmo$exp, C=10)
res$comp.memb <- ICMg.get.comp.memberships(osmo$ppi, res)
res$clustering <- apply(res$comp.memb, 2, which.max)


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### code chunk number 9: visu1
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subnet.id <- "Subnet-2" # specify the subnet to visualize
vis <- plot.responses(model, subnet.id)


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### code chunk number 10: visu2
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plot.scale(vis$breaks, vis$palette)


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### code chunk number 11: details
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sessionInfo()