### R code from vignette source 'vignettes/PING/inst/doc/PING.Rnw'

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### code chunk number 1: Loading-PING
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library(PING)


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### code chunk number 2: Reading-the-data
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path<- system.file("extdata",package="PING")
#Read the experiment : 
dataIP<-read.table(file.path(path,"GSM351492_R4_chr1.bed"),header=TRUE)
dataIP<-as(dataIP,"GRanges")


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### code chunk number 3: Genome-segmentation
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seg<-segmentPING(dataIP,  minReads=NULL, maxLregion=1200,minLregion=80, jitter=TRUE)


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### code chunk number 4: Cluster-initialization
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library(parallel)


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### code chunk number 5: PING-analysis
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ping<-PING(seg, nCores=2)


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### code chunk number 6: Post-process-PING-result
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PS=postPING(ping, seg)


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### code chunk number 7: makeRangedDataOutput
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rdBed<-makeRangedDataOutput(ping, type="bed")
rdFix<-makeRangedDataOutput(PS, type="fixed")


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### code chunk number 8: export-to-file (eval = FALSE)
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## library(rtracklayer)
## export(rdBed, file="ping.bed")
## export(rdFix, file="postPING.bed")


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### code chunk number 9: plotSummary
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plotSummary(PS, ping,  dataIP, "chr1", "gen", from=149000, to=153000)


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### code chunk number 10: custom-plot
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library(Gviz)
cTrack<-CoverageTrack(ping, dataIP, "chr1", "gen")
rTrack<-RawReadsTrack(ping, dataIP, "chr1", "gen", name="Reads")
nTrack<-NucleosomeTrack(PS, "chr1", "gen", scoreThreshold=0.1, name="NEW")


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### code chunk number 11: Gviz-tracks
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gTrack<-GenomeAxisTrack(add53=TRUE, add35=TRUE)
aTrack<-AnnotationTrack(start=149500, end=151000, showFeatureId=TRUE, id="random annotation", col.title="orange", chr="chr1", gen="gen", name="custom")
plotTracks(trackList=c(gTrack, cTrack, aTrack, rTrack, nTrack), main="Custom plot", from=149000, to=153000 )