### R code from vignette source 'vignettes/logitT/inst/doc/logitT.Rnw'

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### code chunk number 1: logitT.Rnw:76-77
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library(logitT)


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### code chunk number 2: logitT.Rnw:90-94
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library(SpikeInSubset)
data(spikein95)  ## get the example data
groupvector<-c("A","A","A","B","B","B")  ## specify group affiliations
logitTex<-logitTAffy(spikein95, group=groupvector) 


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### code chunk number 3: logitT.Rnw:99-100
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logitTex[1:10]


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### code chunk number 4: logitT.Rnw:110-111
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groupvector<-c("A","A","A","B","B","B")


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### code chunk number 5: logitT.Rnw:120-123
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pvals <- (1-pt(abs(logitTex),df=4))*2              ## calculate p-values
signifgenes<-names(logitTex)[pvals<0.01]           ## find probe sets with p-values smaller than 0.01
signifgenes