### R code from vignette source 'vignettes/clusterProfiler/inst/doc/clusterProfiler.Rnw'

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### code chunk number 1: options
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options(width=60)
require(clusterProfiler)


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### code chunk number 2: gcSample
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require(clusterProfiler)
data(gcSample)
gcSample


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### code chunk number 3: groupGO
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x <- groupGO(gene=gcSample[[1]], organism="human", ont="CC", level=2, readable=TRUE)
summary(x)


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### code chunk number 4: enrichGO (eval = FALSE)
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## y <- enrichGO(gene=gcSample[[2]], organism="human", ont="MF", pvalueCutoff=0.01, readable=TRUE)


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### code chunk number 5: enrichKEGG
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z <- enrichKEGG(gene=gcSample[[3]], organism="human", pvalueCutoff=0.05, readable=TRUE)
summary(z)


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### code chunk number 6: groupGO (eval = FALSE)
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## plot(x, title="CC Ontology Classification, level 2", font.size=12)


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### code chunk number 7: enrichKEGG (eval = FALSE)
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## plot(z, title="KEGG Enrichment")


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### code chunk number 8: compareCluster (eval = FALSE)
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## xx <- compareCluster(gcSample, fun=groupGO, organism="human", ont="MF", level=2)
## plot(xx, title="MF Ontology Distribution Comparison")


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### code chunk number 9: compareCluster (eval = FALSE)
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## yy <- compareCluster(gcSample, fun=enrichGO, organism="human", ont="CC", pvalueCutoff=0.01)
## plot(yy, title="CC Ontology Enrichment Comparison")


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### code chunk number 10: compareCluster (eval = FALSE)
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## plot(yy, title="CC Ontology Enrichment Comparison", type="bar", by="count")


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### code chunk number 11: compareCluster-KEGG (eval = FALSE)
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## zz <- compareCluster(gcSample, fun=enrichKEGG, organism="human", pvalueCutoff=0.05)
## plot(zz, title="KEGG Pathway Enrichment Comparison")


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### code chunk number 12: compareCluster-DO (eval = FALSE)
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## require(DOSE)
## do <- compareCluster(gcSample, fun=enrichDO, organism="human", pvalueCutoff=0.05)
## plot(do, title="Disease Ontology Enrichment Comparison")


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### code chunk number 13: clusterProfiler.Rnw:224-225
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sessionInfo()