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### chunk number 1: 
###################################################
#line 47 "vignettes/MassArray/inst/doc/MassArray.Rnw"
library(MassArray)


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### chunk number 2: 
###################################################
#line 50 "vignettes/MassArray/inst/doc/MassArray.Rnw"
data.path <- system.file("extdata", package="MassArray")
initial.path <- getwd()


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### chunk number 3: fig1
###################################################
#line 82 "vignettes/MassArray/inst/doc/MassArray.Rnw"
results <- ampliconPrediction("AAAATTTTCCCCTCTGCGTGAGAGAGTTGTCCGACAAAA")
results


###################################################
### chunk number 4: fig2
###################################################
#line 97 "vignettes/MassArray/inst/doc/MassArray.Rnw"
ampliconPrediction("AAAA>TTTTCCCCTCTGCGTGAGAGAGTTGTC(CG)AC<AAAA")


###################################################
### chunk number 5: fig3
###################################################
#line 115 "vignettes/MassArray/inst/doc/MassArray.Rnw"
ampliconPrediction("AAAATTTTCCCCTCTGCGTGAGAGAGTTGTC(CG)ACTTCCCCTCTGCGTGAGAGAGTTGTCCGACAAAA")


###################################################
### chunk number 6: fig4
###################################################
#line 154 "vignettes/MassArray/inst/doc/MassArray.Rnw"
ampliconPrediction("CCTGTCCAGGGGCACTCCATATTTTCCTACCTGTCCCTCTTTGCTTGTAAAAACAAATTAAACAGGGATCCCAGCAACTTCG")


###################################################
### chunk number 7: 
###################################################
#line 187 "vignettes/MassArray/inst/doc/MassArray.Rnw"
setwd(data.path)


###################################################
### chunk number 8: 
###################################################
#line 190 "vignettes/MassArray/inst/doc/MassArray.Rnw"
sequence <- "CCAGGTCCAAAGGTTCAGACCAGTCTGAA>CCTGTCCAGGGGCACTCCATATTTTCC"
sequence <- paste(sequence, "TACCTGTCCCTCTTTGCTTGTAAAAACAAATTAAACAGGGA", sep="")
sequence <- paste(sequence, "TCCCAGCAACTTCGGGGCATGTGTGTAACTGTGCAAGGAGC", sep="")
sequence <- paste(sequence, "GCGAAGCCCAGAGCATCGCCCTAGAGTTCGGGCCGCAGCTG", sep="")
sequence <- paste(sequence, "CAGAGGCACATCTGGAAAAGGGGGAGGGGTCGAAGCGGAGG", sep="")
sequence <- paste(sequence, "GGACAAGAAGCCCCCAAACGACTAGCTTCTGGGTGCAGAGT", sep="")
sequence <- paste(sequence, "CTGTGTCAC(CG)GGGGTTAGTTACCTGTCCTACGTTGATG", sep="")
sequence <- paste(sequence, "AATCCGTACTTGCTGGCTATGCGGTCTGCCTCCGCGAATCC", sep="")
sequence <- paste(sequence, "GC(CG)GC<GATCTTCACTGCCCAGTGGTTGGTGTA", sep="")
data <- new("MassArrayData", sequence, file="Example.txt")


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### chunk number 9: 
###################################################
#line 202 "vignettes/MassArray/inst/doc/MassArray.Rnw"
setwd(initial.path)


###################################################
### chunk number 10: fig5
###################################################
#line 221 "vignettes/MassArray/inst/doc/MassArray.Rnw"
plot(data, collapse=FALSE, bars=FALSE, scale=FALSE)


###################################################
### chunk number 11: fig6
###################################################
#line 235 "vignettes/MassArray/inst/doc/MassArray.Rnw"
plot(data, collapse=TRUE, bars=TRUE, scale=FALSE)


###################################################
### chunk number 12: fig7
###################################################
#line 249 "vignettes/MassArray/inst/doc/MassArray.Rnw"
plot(data, collapse=TRUE, bars=FALSE, scale=TRUE)


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### chunk number 13: fig8
###################################################
#line 270 "vignettes/MassArray/inst/doc/MassArray.Rnw"
SNP.results <- evaluateSNPs(data)


###################################################
### chunk number 14: 
###################################################
#line 293 "vignettes/MassArray/inst/doc/MassArray.Rnw"
length(SNP.results)
SNP.results[[2]]