### R code from vignette source 'RICorrection.Rnw'

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### code chunk number 1: options
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options(width=80)


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### code chunk number 2: LibraryPreload
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library(TargetSearch)
library(TargetSearchData)


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### code chunk number 3: cdffiles
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cdfPath <- file.path(find.package("TargetSearchData"), "gc-ms-data")
dir(cdfPath, pattern="cdf$")


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### code chunk number 4: samples
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samples.all <- ImportSamplesFromDir(cdfPath)
RIpath(samples.all) <- "."


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### code chunk number 5: rim
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rimLimits <- ImportFameSettings(file.path(cdfPath,"rimLimits.txt"))
rimLimits


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### code chunk number 6: ricorrect
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RImatrix <- RIcorrect(samples.all, rimLimits, massRange=c(85,320),
            Window=15, pp.method="ppc", IntThreshold=50)
RImatrix


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### code chunk number 7: isRIMarker
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isRIMarker <- c(T, F, F, F, F, T, F, F, F, F, T, F, F, F, F)


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### code chunk number 8: updateRImatrix2
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RImatrix2 <- RImatrix
RImatrix2[, 2:5]   <- RImatrix[,1]
RImatrix2[, 7:10]  <- RImatrix[,6]
RImatrix2[, 12:15] <- RImatrix[,11]


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### code chunk number 9: updateRImatrix
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RImatrix2 <- RImatrix
z <- cumsum(as.numeric(isRIMarker))
for(i in unique(z))
    RImatrix2[, z==i] <- RImatrix[, z==i][,1]
RImatrix2


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### code chunk number 10: fixRI
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fixRI(samples.all, rimLimits, RImatrix2, which(!isRIMarker))


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### code chunk number 11: finally
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samples <- samples.all[!isRIMarker]
RImatrix <- RImatrix2[, !isRIMarker]